摘要
基因組組裝質量的評估手段之一就是用現有的參考基因組和組裝的基因組進行共線性分析，級別有全基因組的共線性分析和染色體級別的共線性分析，全基因組級別的共線性可以用circlize進行可視化，現在進行染色體級別的共線性分析可視化。
准備工作
- 用NUCMER進行染色體級別的比對
numcer --mum -p chr1 -t 20 chr1_g1.fasta chr1_g2.fasta
- 准備格式
show-coords -c -l chr1.delta > chr1.delta.coords
可視化
- LINKVIEW可視化
python LINKVIEW.py -t 2 -s --svg2png_dpi 1200 -k k_1.txt --no_dash --svg_width 2500 --chro_axis --chro_axis_density 2 -o chr1 chr1.delta.coords
三個基因組染色體之間的共線性可視化
- 比對
numcer --mum -p chr1_2 -t 20 chr1_g1.fasta chr1_g2.fasta
numcer --mum -p chr1_3 -t 20 chr1_g1.fasta chr1_g3.fasta
- 准備格式
show-coords -c -l chr1_2.delta > chr1_2.delta.coords
show-coords -c -l chr1_3.delta > chr1_3.delta.coords
cat chr1_2.delta.coords chr1_3.delta.coords > chr1.coords
- 可視化
python LINKVIEW.py -t 2 -s --svg2png_dpi 1200 -k k_1.txt --no_dash --svg_width 2500 --chro_axis --chro_axis_density 2 -o chr1 chr1.coords
出圖
