原文:染色體共線性可視化

摘要 基因組組裝質量的評估手段之一就是用現有的參考基因組和組裝的基因組進行共線性分析,級別有全基因組的共線性分析和染色體級別的共線性分析,全基因組級別的共線性可以用circlize進行可視化,現在進行染色體級別的共線性分析可視化。 准備工作 用NUCMER進行染色體級別的比對 准備格式 可視化 LINKVIEW可視化 三個基因組染色體之間的共線性可視化 比對 准備格式 可視化 出圖 ...

2021-08-17 11:40 0 197 推薦指數:

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基因共線性

共線性又稱同線性,是一個物種的基因組中相互連鎖的基因,在另一物種的基因組中也是連鎖關系, 而且在兩個物種的遺傳圖上的位置也是相同的 。 ...

Tue Oct 29 03:21:00 CST 2019 0 1004
基因染色體定位

1.基因染色體定位TBtools Graphics-show gene on chr-第一個 文件准備: ①染色體長度信息 ②基因位置信息 #①:染色體長度文件 用基因組序列提取每條染色體的長度信息,結果是NC_開頭的基因組編號,不是染色體號 記錄 ...

Fri Dec 10 18:58:00 CST 2021 0 4019
多重共線性

檢驗多重共線 如果發現存在多重共線性,可以采取以下處理方法。 (1)如果不關心具體的回歸系數,而只關心整個方程預測被解釋變量的能力,則通常可以不必理會多重共線性(假設你的整個方程是顯著的)。這是因為,多重共線性的主要后果是使得對單個變量的貢獻估計不准,但所有變量的整體效應仍可以較准確 ...

Fri Sep 03 22:28:00 CST 2021 0 122
講講共線性問題

作者:JSong,時間:2017.12.18,公眾號:JSong老師 多重共線性是使用線性回歸算法時經常要面對的一個問題。在其他算法中,例如決策樹和貝葉斯,前者的建模過程是逐步遞進,每次拆分只有一個變量參與,這種建模機制含有抗多重共線性干擾的功能;后者干脆假定變量之間是相互獨立的,因此從表面上看 ...

Tue Dec 19 06:31:00 CST 2017 0 1059
細胞,染色體,DNA與基因的關系

資料來源: 細胞、染色體、DNA和基因的關系 細胞核中包含染色體,人體共有23對染色體(22+XY/XX),染色體由DNA組成,DNA是由互補鹼基對組成的雙螺旋結構,DNA鏈中只有一部分信息可以編碼為蛋白質,這些蛋白質是構成細胞和組織最小的組成成分,這些有效編碼的部分稱為gene,而不能有效編碼 ...

Wed Jun 24 23:40:00 CST 2020 0 2646
對性染色體進行關聯分析

歡迎來到"bio生物信息"的世界 1 前言 早期的研究普遍只做常染色體的全基因組關聯分析,很少做性染色體的。 主要原因是性染色體的遺傳模式比較復雜,存在X染色體失活,而且男女效應值不大一樣。 其次,也不是所有的表型都是男女有差異的。 再然后,也沒有很好的工具計算性染色體的關聯分析 ...

Tue Nov 19 04:26:00 CST 2019 0 297
多重共線性診斷及處理

一、定義 多重共線性(Multicollinearity)是指線性回歸模型中的解釋變量之間由於存在較精確相關關系或高度相關關系而使模型估計失真或難以估計准確。完全共線性的情況並不多見,一般出現的是在一定程度上的共線性,即近似共線性。 二. 目前常用的多重共線性診斷方法   1.自變量 ...

Mon Nov 26 19:34:00 CST 2018 0 11649
共線性分析-MCscan - python (jcvi)

本來是不會再寫這個文檔的,但是由於長時間沒有用這個模塊,這個模塊不知道是我自己弄掉了,還是別的同學誤刪了,於是我重新安裝一下。 首先下載conda,並下載好python which pip ...

Wed Nov 04 02:22:00 CST 2020 0 1067
 
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