manta，基因的somaticSV體細胞變異之染色體結構變異

# manta
# 想要獲得somatic的SV變異，所以使用了manta軟件

 

# 安裝：
# 千萬不要去github下載源代碼安裝！！！本人安裝了兩整天沒裝好，簡直懷疑人生，果斷棄坑！！
# 划重點：使用conda安裝！！！

conda create -n manta
conda activate manta
conda install -c bioconda manta

 

# 使用：

cd /biodata/pipeline/TUMOR/yln-test/manta  # 進入數據分析目錄
ln -s /home/yiln/miniconda3/envs/manta/bin/configManta.py  # 為了在分析目錄調用軟件自帶的python分析腳本（不帶完整路徑名），創建軟鏈接
vi yln_test.sh  # 創建分析腳本

 

# 腳本內容：

成對樣品分析：（腫瘤+正常）

#!/bin/sh
data_dir=/biodata/pipeline/TUMOR/yln-test/numpy_test
manta_dir=/biodata/pipeline/TUMOR/yln-test/manta/manta-1.6.0.release_src/src/python
ref=/biodata/pipeline/TUMOR/database/hg19/hg19.nonhap.fa
work_dir=/biodata/pipeline/TUMOR/yln-test/manta/yln-test

python2 configManta.py \
--normalBam ${data_dir}/NG19-GXH0818-gDNA.sorted.bam \
--tumorBam ${data_dir}/NG19-GXH0818-FFPE.sorted.bam \
--referenceFasta ${ref} \
--runDir ${work_dir}

python2 ${manta_dir}/runWorkflow.py

 腫瘤單樣品分析：

#!/bin/sh
data_dir=/biodata/pipeline/TUMOR/yln-test/numpy_test
manta_dir=/biodata/pipeline/TUMOR/yln-test/manta/yln_test
ref=/biodata/pipeline/TUMOR/database/hg19/hg19.nonhap.fa

SAMPLE=("GXH0764" "GXH0854" "HD786")

for sample in ${SAMPLE[@]}
do
    mkdir ${manta_dir}/${sample}
    python2 configManta.py \
    --tumorBam ${data_dir}/${sample}.sorted.bam \
    --referenceFasta ${ref} \
    --runDir ${manta_dir}/${sample}
    python2 ${manta_dir}/${sample}/runWorkflow.py
done

 

結果說明詳見官方文檔，這里給出鏈接：

 https://github.com/Illumina/manta/blob/master/docs/userGuide/README.md

 

# 一句忠告：
# 真的不要在安裝有anaconda的機器上下載源代碼，妄想自己編譯了。。。