原文:manta,基因的somaticSV體細胞變異之染色體結構變異

manta 想要獲得somatic的SV變異,所以使用了manta軟件 安裝: 千萬不要去github下載源代碼安裝 本人安裝了兩整天沒裝好,簡直懷疑人生,果斷棄坑 划重點:使用conda安裝 使用: 腳本內容: 成對樣品分析: 腫瘤 正常 腫瘤單樣品分析: 結果說明詳見官方文檔,這里給出鏈接: https: github.com Illumina manta blob master docs ...

2020-04-14 16:51 0 1002 推薦指數:

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細胞染色體,DNA與基因的關系

資料來源: 細胞染色體、DNA和基因的關系 細胞核中包含染色體,人體共有23對染色體(22+XY/XX),染色體由DNA組成,DNA是由互補鹼基對組成的雙螺旋結構,DNA鏈中只有一部分信息可以編碼為蛋白質,這些蛋白質是構成細胞和組織最小的組成成分,這些有效編碼的部分稱為gene,而不能有效編碼 ...

Wed Jun 24 23:40:00 CST 2020 0 2646
基因染色體定位

1.基因染色體定位TBtools Graphics-show gene on chr-第一個 文件准備: ①染色體長度信息 ②基因位置信息 #①:染色體長度文件 用基因組序列提取每條染色體的長度信息,結果是NC_開頭的基因組編號,不是染色體號 記錄 ...

Fri Dec 10 18:58:00 CST 2021 0 4019
如何快速將參考基因組拆分為各條染色體序列?

目錄 需求 方法一 方法二 需求 客戶反映,完整的基因組太大打不開,要我將之按各條染色體和scaffold拆分。如何快速實現? 方法一 借助工具: 方法二 自己寫腳本:split.pl 運行:perl split.pl ...

Thu Apr 29 01:05:00 CST 2021 0 314
基於全基因組測序數據鑒定結構變異的四大類算法總結

不同類型的基因變異示意圖(圖片來源:labspaces) 上次給大家總結介紹了基因組單核苷酸多態性(single nucleotide polymorphism,SNP)的鑒定方法,今天給大家介紹結構變異(structural variations,SV ...

Tue Sep 24 19:31:00 CST 2019 0 503
3D-DNA 掛載染色體

3D-DNA是一款簡單,方便的處理Hi-C軟件,可將contig提升到染色體水平。其githup網址:https://github.com/theaidenlab/3d-dna 3D-DNA流程簡介 將Hi-C數據比對到draft.genome.fa。(利用Juicer分析Hi-C ...

Fri Apr 24 03:37:00 CST 2020 0 2677
對性染色體進行關聯分析

歡迎來到"bio生物信息"的世界 1 前言 早期的研究普遍只做常染色體的全基因組關聯分析,很少做性染色體的。 主要原因是性染色體的遺傳模式比較復雜,存在X染色體失活,而且男女效應值不大一樣。 其次,也不是所有的表型都是男女有差異的。 再然后,也沒有很好的工具計算性染色體的關聯分析 ...

Tue Nov 19 04:26:00 CST 2019 0 297
 
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