比對軟件Blast，Blast+，Diamond比較
1. Blast （1）格式化數據庫 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要參數： -i 輸入需要格式化的源數據庫名稱 -p 文件類型，是核苷酸序列數據庫（F - nucleotide）/蛋白質序列數據庫（T – protein ...
原文：blast原理
blast的原理就是將想要明確注釋的sequence 這個sequence就是query 先打斷，即一條sequence變成多條sub sequence sub sequence也就是word ，然后拿這些sub sequence與數據庫中的序列比較 數據庫中的序列是已經注釋過的 ，然后將這些word向兩邊延展，延展方式是將單個word 就是圖中黃色的線 對應的sequence 就是圖中黑色的線 ...
2020-03-08 16:09 0 1129 推薦指數：
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blast及其格式輸出簡介
1）blast產生背景 雙序列比對可以采用是基於動態規划算法的Needleman-Wunsch（NW）和Smith-Waterman algorithm（SW）算法，雖然精度高，但計算消耗大。當與數據庫比對的時候，該算法就顯得不切實際。因此TASTA，blast采用啟發式算法 ...
blast命令解釋
原文鏈接：http://blog.csdn.net/bangemantou/article/details/7726585 Blast，全稱Basic Local Alignment Search Tool，即“基於局部比對算法的搜索工具”，由Altschul等人於1990年發布。Blast能夠 ...
blast的本地簡單運行
一、軟件配置 curl -O ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gz tar zxvf ...
20、BLAST比對及結果介紹
1、formatdb -i /share/nas1/huangt/project/IsoSeq/BMK170104-E545-03-a/Analysis_T01/MoveRebundant/T01/c ...
blast+安裝及簡單使用
軟件下載 BLAST+的一般用法如下： 格式化數據庫 參數說明: -in：待格式化的序列文件 -dbtype：數據庫類型，prot或nucl -out：數據庫名 蛋白序列比對蛋白數據庫（blastp） 參數說明: -query： 輸入文件路徑及文件名 -out：輸出文件路徑 ...
Linux下BLAST+的本地化（BLAST 2.2.29+）
鏈接：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=830496&do=blog&quickforward=1&id=640600 Linux下BLAST+的本地化(NCBI-BLAST ...
ncbi-blast 本地安裝
詳見：http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/ Linux系統中NCBI BLAST+本地化教程 本文面向初學者（最好還是懂得基本的linux使用），高手可直接忽視。不介紹Windows系統中的安裝方法 ...