詳見：http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/
Linux系統中NCBI BLAST+本地化教程
本文面向初學者（最好還是懂得基本的linux使用），高手可直接忽視。不介紹Windows系統中的安裝方法，一是因為思路一樣，二是因為Linux中BLAST效率更高，系統更穩定，不會卡死。所以，請用Linux服務器，我想你也不忍心讓自己心愛的本本跑幾十個小時的程序吧。
請不要因為篇幅長，而覺得很困難，只是為了初學者能懂，敘述比較詳（luo）細（suo）而已
——————-[ 做好心理准備，開始了]——————-
1. 安裝配置BLAST+程序
在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/中下載最新的BLAST可執行程序（不要下載源代碼`，源碼編譯非常慢），選擇預編譯版本，如ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz。如果服務器能聯網，可直接用wget下載。或者，下載后用SFTP客戶端傳輸到服務器上。
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz 解壓縮： tar -zxvf ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz
（按理說解壓縮后就可以通過絕對路徑直接使用了，但為了今后的方便，還是繼續配置吧）為了方便，將其移動到我安裝本地程序的目錄（參考《[Linux上設置良好的目錄結構][1]》），並重命名（固定命名，不帶版本號，避免因升級而修改配置文件），統一管理。
mv ncbi-blast-2.2.30+ ~/local/app/ # 移動 cd ~/local/app/ # 進入本地程序安裝路徑 mv ncbi-blast-2.2.30+ blast # 修改目錄名
現在，已經將BLAST+安裝到~/local/app/blast 中了（~知道吧，就是用戶的家目錄，可用環境變量$HOME代替）。
[shenwei@mu01 blast]$ pwd # 查看當前目錄的絕對路徑 /db/home/shenwei/local/app/blast [shenwei@mu01 blast]$ ls # 查看當前目錄的內容 bin ChangeLog doc LICENSE ncbi_package_info README
將BLAST+可執行程序所在目錄（bin）的絕對路徑加入到環境變量$PATH中，方便通過程序名直接調用。編輯~/.bashrc文件，在最后加入以下行：
export PATH=/db/home/shenwei/local/app/blast/bin:$PATH
如果不會使用vi/vim等編輯器，可直接運行下列一行命令，將上述內容添加到~/.bashrc文件（看清楚，和上面不同的是：$被轉義了的）：
echo "export PATH=/db/home/shenwei/local/app/blast/bin:\$PATH" >> ~/.bashrc
讓配置生效：
source ~/.bashrc
到此，你就可以直接輸入BLAST的子程序，如blastn進行比對了。試試輸入blast -version ，看看是否如下顯示：
[shenwei@mu01 blast]$ blastn -version blastn: 2.2.30+ Package: blast 2.2.30, build Dec 10 2013 14:41:40
——————-[ 休息一下，鼓勵一下自己 ] ——————-
2. 配置本地BLAST庫
當需要進行大量比對的時候，將BLAST數據庫本地化能極大提高效率。
我存放庫文件的目錄為~/data/blast 。建立並編輯（如果還不會編輯，就復制到本地的一個文本文件ncbirc.txt，然后傳到服務器，再改名mv ncbirc.txt .ncbirc ）NCBI BLAST全局配置文件（在家目錄），內容如下：
[shenwei@mu01 ~]$ cat .ncbirc # 這是查看文件內容的命令，下面才是內容 ; Start the section for BLAST configuration [BLAST] ; Specifies the path where BLAST databases are installed BLASTDB=/db/home/shenwei/data/blast ; Specifies the data sources to use for automatic resolution ; for sequence identifiers DATA_LOADERS=blastdb ; Specifies the BLAST database to use resolve protein sequences BLASTDB_PROT_DATA_LOADER=/db/home/shenwei/data/blast/nr ; Specifies the BLAST database to use resolve protein sequences BLASTDB_NUCL_DATA_LOADER=/db/home/shenwei/data/blast/nt BATCH_SIZE=10G ; Windowmasker settings [WINDOW_MASKER] WINDOW_MASKER_PATH=/db/home/shenwei/data/blast/windowmasker ; end of file
配置好后，后面選擇庫的時候就可以只輸入名稱（比如nr），不用輸入絕對路徑了。
3. 下載庫文件
配置好之后，使用BLAST+自帶的update_blastdb.pl腳本下載nr和nt等庫文件（不建議下載序列文件，一是因為后者文件更大，二是因為可以從庫文件中提取序列blastdbcmd -db nr -dbtype prot -entry all -outfmt "%f" -out nr.fa ，最主要是建庫需要花費很長時間），直接運行下列命令即可自動下載。
update_blastdb.pl nt nr
提醒：下載文件較大，耗費時間較長，最好將任務轉入后台。詳見《Shell Note》中“用screen運行大量后台任務”部分。簡單的做法，也可用nohup命令（下面nohup后面用了time命令，是為了看看整個消耗的時間）：
nohup time update_blastdb.pl nt nr > log &
監控庫文件是否下載完成，如何判斷？ 1. 查看log文件是否有提示；2. 查看update_blastdb.pl是否還在運行：執行ps -aef | grep update_blastdb.pl | grep -v update_blastdb.pl 命令，如過沒有結果，則說明沒有運行了。
下載完成后解壓所有tar.gz文件（用通配符）即可：
nohup time tar -zxvf *.tar.gz > log2 &
提示：今后要更新庫文件的時候，按照上述方法重新下載解壓即可。
常用的BLAST庫文件（比如基因組參考序列）也可以加入其中，今后調用的時候就不用輸入庫 文件的絕對路徑了。
——————-[ 贊揚一下自己 ] ——————-
4. 基本用法
可直接Google中文教程。更權威，更詳細的請參考BLAST手冊《BLAST Command Line Applications User Manual》。具體參數信息可直接輸入blastn -help` 查閱。
提示：blast輸出格式有多種，其中11包含信息最全，其它格式都可用blast_formatter程序由11轉化為其它格式。所以，比對結果請使用11格式。
1）如果本地化了nt庫，直接在nt庫中比對，部分參數的中文意義可見《BLAST+使用方法》。
blastn -query test.fa -db nt -outfmt 11 -out "test.blastn@nr.asn" -num_threads 8
其中輸出文件名test.blastn@nr.asn是個人習慣，即“序列文件名.blast子程序名@庫名.結果格式”，這樣是不是很直觀？
轉換格式（如自定義表格格式）：
blast_formatter -archive "test.blastn@nr.asn" -outfmt "7 qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore staxids salltitles" > "test.blastn@nr.tab"
轉為默認格式 ：
blast_formatter -archive "test.blastn@nr.asn" -outfmt 0 > "test.blastn@nr.blast"
2）如果沒有本地化nt庫，可添加-remote選項（就不能使用-num_threads參數了），進行在線比對（當然要慢一些，適合數據不多的情況）：
blastn -query test.fa -db nt -outfmt 11 -out "test.blastn@nr.asn" -remote
3）用自己的序列建庫
makeblastdb -in db.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out dbname
如果該庫需要經常使用，可將庫文件移到前面配置的庫文件的目錄，今后在其它目錄運行blast的時候，便可直接輸入庫名（不用輸入絕對路徑），直接使用。
mv dbname.* ~/data/blast
————- [ 在實踐中學習，不會的請google、看手冊] ————-