如何下載NCBI blast數據庫? 有哪些可供下載的blast數據庫? blast如何使用? blast構建索引 | makeblastdb ...
詳見:http: blog.shenwei.me local blast installation Linux系統中NCBI BLAST 本地化教程 本文面向初學者 最好還是懂得基本的linux使用 ,高手可直接忽視。不介紹Windows系統中的安裝方法,一是因為思路一樣,二是因為Linux中BLAST效率更高,系統更穩定,不會卡死。所以,請用Linux服務器,我想你也不忍心讓自己心愛的本本跑幾十 ...
2016-08-15 09:18 0 2572 推薦指數:
如何下載NCBI blast數據庫? 有哪些可供下載的blast數據庫? blast如何使用? blast構建索引 | makeblastdb ...
基本局部比對搜索工具 (BLAST) 可查找兩個序列之間具有局部相似性的區域。該程序將核苷酸或蛋白質序列與序列數據庫進行比較,並計算匹配的統計顯着性。BLAST 可用於推斷序列之間的功能和進化關系,以及幫助識別基因家族的成員。 下載與安裝 下載地址:https ...
一、軟件配置 curl -O ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gz tar zxvf ...
鏈接:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=830496&do=blog&quickforward=1&id=640600 Linux下BLAST+的本地化(NCBI-BLAST ...
軟件下載 BLAST+的一般用法如下: 格式化數據庫 參數說明: -in:待格式化的序列文件 -dbtype:數據庫類型,prot或nucl -out:數據庫名 蛋白序列比對蛋白數據庫(blastp) 參數說明: -query: 輸入文件路徑及文件名 -out:輸出文件路徑 ...
簡介 NCBI除了提供在線的Web BLAST序列比對服務外,還提供FTP方式下載序列比對工具。這允許在本地平台上針對從NCBI下載或本地創建的數據庫執行BLAST搜索。這些實用程序沒有圖形用戶界面,通過類似DOS的命令窗口運行,並通過基於文本的命令行開關接受輸入 ...
blast+本地化的構建對於流程化處理大量數據序列很方便,blast+是將blast模塊化,分為了蛋白質序列比對蛋白數據庫(blastp)、核酸序列比對核酸數據庫(blastn)、核酸序列比對蛋白質數據庫(blastx)、蛋白質比對翻譯后的核酸數據庫(tblastn)、 翻譯后的核酸序列比對翻譯 ...
blast的原理就是將想要明確注釋的sequence(這個sequence就是query)先打斷,即一條sequence變成多條sub-sequence(sub-sequence也就是word),然后拿這些sub-sequence與數據庫中的序列比較(數據庫中的序列是已經注釋 ...