軟件下載
wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.9.0/ncbi-blast+-2.9.0-src.tar.gz
tar zxvf ncbi-blast+-2.9.0-src.tar.gz
cd ncbi-blast+-2.9.0-src
./configure
make
make install
BLAST+的一般用法如下：
格式化數據庫
makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname
參數說明:
-in：待格式化的序列文件
-dbtype：數據庫類型，prot或nucl
-out：數據庫名
蛋白序列比對蛋白數據庫（blastp）
blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
參數說明:
-query： 輸入文件路徑及文件名
-out：輸出文件路徑及文件名
-db：格式化了的數據庫路徑及數據庫名
-outfmt：輸出文件格式，總共有12種格式，6是tabular格式對應BLAST的m8格式
-evalue：設置輸出結果的e-value值
-num_descriptions：tabular格式輸出結果的條數
-num_threads：線程數
核酸序列比對核酸數據庫（blastn）以及核酸序列比對蛋白數據庫（blastx）
與上面的blastp用法類似：
blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
參考BGI參數，結果以xml格式輸出時，只輸出了5條比對結果
blastx -evalue 1e-5 -num_threads 8 -db animal.fa -query All-Unigene.fa.9 -out All-Unigene.fa.9.blast.nr -outfmt 5 -max_target_seqs 5