1. Blast (1)格式化數據庫 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要參數: -i 輸入需要格式化的源數據庫名稱 -p 文件類型,是核苷酸序列數據庫(F - nucleotide)/蛋白質序列數據庫(T – protein ...
軟件下載 BLAST 的一般用法如下: 格式化數據庫 參數說明: in:待格式化的序列文件 dbtype:數據庫類型,prot或nucl out:數據庫名 蛋白序列比對蛋白數據庫 blastp 參數說明: query: 輸入文件路徑及文件名 out:輸出文件路徑及文件名 db:格式化了的數據庫路徑及數據庫名 outfmt:輸出文件格式,總共有 種格式, 是tabular格式對應BLAST的m 格式 ...
2020-03-06 10:33 0 4705 推薦指數:
1. Blast (1)格式化數據庫 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要參數: -i 輸入需要格式化的源數據庫名稱 -p 文件類型,是核苷酸序列數據庫(F - nucleotide)/蛋白質序列數據庫(T – protein ...
鏈接:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=830496&do=blog&quickforward=1&id=640600 Linux下BLAST+的本地化(NCBI-BLAST ...
以后打算工作中用到的相關BLAST操作全部用BLAST+來完成 與以前的Blast相以,我們還是從格式化數據庫到比對開始 一般我們是有一個fasta文件用來格式化數據庫,以前的命令是formatdb,現在是makeblastdb 一般用到的格式如下: makeblastdb ...
基本局部比對搜索工具 (BLAST) 可查找兩個序列之間具有局部相似性的區域。該程序將核苷酸或蛋白質序列與序列數據庫進行比較,並計算匹配的統計顯着性。BLAST 可用於推斷序列之間的功能和進化關系,以及幫助識別基因家族的成員。 下載與安裝 下載地址:https ...
一、軟件配置 curl -O ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gz tar zxvf ...
blast+本地化的構建對於流程化處理大量數據序列很方便,blast+是將blast模塊化,分為了蛋白質序列比對蛋白數據庫(blastp)、核酸序列比對核酸數據庫(blastn)、核酸序列比對蛋白質數據庫(blastx)、蛋白質比對翻譯后的核酸數據庫(tblastn)、 翻譯后的核酸序列比對翻譯 ...
詳見:http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/ Linux系統中NCBI BLAST+本地化教程 本文面向初學者(最好還是懂得基本的linux使用),高手可直接忽視。不介紹Windows系統中的安裝方法 ...
對區域進行打分以確定同源性的高低。 Blast簡單來說,是一個完整的程序包,調用該程序 ...