miRNA 數據過濾我使用cutadapt 1 cutadapt -a AGATCGGAAGAGCACACGTCT -m 15 -q 20 --discard-untrimmed -o outname .fa --discard-untrimmed 把reads中不含 ...
miRNA分析 數據過濾 一 在比對之前為了減少比對時間,將每一個樣本中的reads進行合並,得到fasta格式,其命名規則如下: 樣本 r數子 x數字 r 中的數字表示reads序號 x 中的數字表示該條reads重復次數 比對分為兩條策略 根據本物種已有的miRNA序列進行比對, 已知當miRNA序列從 miRBase 或者 sRNAanno得到 應該將clean reads比對到所研究物種到 ...
2020-01-04 21:38 1 2159 推薦指數:
miRNA 數據過濾我使用cutadapt 1 cutadapt -a AGATCGGAAGAGCACACGTCT -m 15 -q 20 --discard-untrimmed -o outname .fa --discard-untrimmed 把reads中不含 ...
miRNA分析--數據過濾(一) miRNA分析--比對(二) 根據miRNA Target Prediction in Plants, miRNA並非所有區域都要求嚴格匹配,其中第1位鹼基和第14位以后的鹼基是允許錯配(以miRNA 5'為始)。 miRNA 文件提交不管是U ...
http://mirgator.kobic.re.kr/help.html ...
最近受人之托研究了下b站的數據爬取做個小工具,最后朋友說不需要了,本着開源共享的原則,將研究成果與大家分享一波,話不多說直接上干貨 需求分析 給定up主uid和用戶uid,爬取用戶在該up主所有視頻中發的所有彈幕 需求拆解 獲取up主所有視頻 打開b站,隨便搜索一個up主,打開所有視頻 ...
1、簡介: 進化生物學是指研究不同生物在一段時期中的改變,其目的是提供理論,進而解釋生物多樣性的過程和機制。與證據充足的生物學相比,支持進化生物學的確鑿證據並不多,往往只能通過 ...
最近由於看基因組文章看的有點興奮,於是返了個場,學習下micRNA。 下載了一篇自己捯飭的paper,啃了很久還是不是很明白,然后我突然看了一個單詞,vivo,原來只以為vivo就是手機只能照亮你的 ...
基於下面這份ppt:Comparing SPM and FSL, by lChris Rorden fsl & spm都是免費的,都很受歡迎。spm更受歡迎。 ...
這是一個嘗試性的文章,能不能解決我要解決的問題,並不清楚。 ===本文利用NCBI的blast界面,實現將短序列比對上reference基因組,並實現變異位點可視化。===補言=== 比對常用的是NCBI網站,打開NCBI。(百度 谷歌直接搜索NCBI, 現在中國也在搭建和完善國家生物信息中心 ...