基因組測序數據的拼接/組裝 (圖片來源:google) 每一個物種的參考基因組序列(reference genome)的產生都要先通過測序的方法,獲得基因組的測序讀段(reads),然后再進行從頭拼接或組裝(英文名稱為do novo ...
不同類型的基因組變異示意圖 圖片來源:labspaces 上次給大家總結介紹了基因組單核苷酸多態性 single nucleotide polymorphism,SNP 的鑒定方法,今天給大家介紹結構變異 structural variations,SV 的種類及基於基因組測序數據的鑒定方法。 因為結構變異是造成物種表型差異的一個重要原因,且與各類疾病,特別是癌症的發生 發展緊密相關,因此研究結 ...
2019-09-24 11:31 0 503 推薦指數:
基因組測序數據的拼接/組裝 (圖片來源:google) 每一個物種的參考基因組序列(reference genome)的產生都要先通過測序的方法,獲得基因組的測序讀段(reads),然后再進行從頭拼接或組裝(英文名稱為do novo ...
華大的春季培訓課程之一:https://ke.qq.com/course/1128997?taid=7160092735650341,我認為講得很好,介紹全面而詳細,加了一些個人經驗(侵刪)。 流程眾多,對於結果會有一些差異,尤其是對低頻變異。如果很關注低頻位點 ...
PacBio公司的業務范圍也就5個(官網): Whole Genome Sequencing Targeted Sequencing Complex Populations RNA Sequencing Epigenetics 其中全基因組測序應該是PacBio ...
WGS(Whole Genome Sequencing) 指將物種細胞里面完整的基因組序列全部DNA,檢測並排列,此技術幾乎能夠鑒定出基因組上任何類型的突變。 對於人類來說,全基因組測序的價值是極大的,它的信息包含了所有基因和生命特征之間的內在關聯性,當然也意味着更大的數據解讀 ...
目前鑒定全基因組加倍(whole-genome duplication events)有3種 通過染色體共線性(synteny) 方法是比較兩個基因組的序列,並將同源序列的位置繪制成點狀圖,如果能在點狀圖中發現比較明顯的長片段,切較多,便可以推測是由於大尺度的基因組重復以后 ...
全基因組鳥槍法測序是在獲得一定的遺傳及物理圖譜信息的基礎上,繞過bac克隆逐個排序的過程,將基因組DNA分解成2kb左右的小片段進行隨機測序,輔以一定數量的10kb的克隆和bac克隆的末端測序,利用超級計算機進行整合進行序列組裝的測序過程。 全基因組鳥槍法測序的主要步驟 ...
Original 2017-06-08 曾健明 生信技能樹 這里選取的是 GATK best practice 是目前認可度最高的全基因組重測序分析流程,尤其適用於 人類研究。 PS:其實本文應該屬於直播我的基因組系列,有兩個原因把它單獨拿出來 ...
全基因組測序 全基因組測序分為從頭測序(de novo sequencing)和重測序(re-sequencing)。 從頭測序(de novo)不需要任何參考基因組信息即可對某個物種的基因組進行測序,利用生物信息學分析方法進行拼接、組裝,獲得該物種的基因組 ...