全基因組鳥槍法測序是在獲得一定的遺傳及物理圖譜信息的基礎上，繞過bac克隆逐個排序的過程，將基因組DNA分解成2kb左右的小片段進行隨機測序，輔以一定數量的10kb的克隆和bac克隆的末端測序，利用超級計算機進行整合進行序列組裝的測序過程。
全基因組鳥槍法測序的主要步驟是：
第一，建立高度隨機、插入片段大小為2kb左右的基因組文庫。克隆數要達到一定數量，即經末端測序的克隆片段的鹼基總數應達到基因組5倍以上。
第二，高效、大規模的末端測序。對文庫中每一個克隆，進行兩端測序，TIGR在完成流感嗜血桿菌的基因組時，使用了14台測序儀，用三個月時間完成了必需的28,463個測序反應，測序總長度達6倍基因組。
第三，序列集合。TIGR發展了新的軟件，修改了序列集合規則以最大限度地排除錯誤的連鎖匹配。
第四，填補缺口。有兩種待填補的缺口，一是沒有相應模板DNA的物理缺口，二是有模板DNA但未測序的序列缺口。建立了插入片段為15-20kb的λ文庫以備缺口填補。
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