1.python script： import numpy def modify(frame, data): # Access the per-particle displacement magn ...

.Download 1.American Mineralogist Crystall Structure Database ： http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php 下載AMC文件——導入Vesta，導出VMD支持文件，如pdb文件——導入 ...

VMD中默認中性溶液不添加任何離子，故以下操作可加入指定數目的離子。 1.建水盒子：VMD-Extensions-Modeling-Add Solvation Box 2.填寫水盒子參數：如下 3. 加入離子：完成第二步建成水盒子后，會自動生成solvate.pdb ...

1. 下載安裝包 安裝包下載地址是http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/，選擇自己合適的版本，我下載1.9.3版本 2. 安裝必要庫 3. 解壓 4. configure 5. 編譯 6. 運行 ...

一.data文件的生成 1.XX.data.file 2.選定位置生成data文件，Tk控制台命令如下：topo writelammpsdata XX.data #此生成的data文件不 ...

技術背景 在分子動力學模擬過程中會遇到一些拓撲結構非常復雜的分子模型，所謂的復雜不僅僅是包含眾多的原子，還有各種原子之間的成鍵關系與成鍵類型等。這時候就非常能夠體現一個好的可視化軟件的重要性了，這里我們介紹的VMD是一個業界非常常用、功能也非常強大的一款軟件。 VMD的安裝 首先訪問VMD ...

1 兩個模型合並 2 導出data文件 topo writelammpsdata XXX.data ...

作者：桂。 時間：2017-03-06 20:57:22 鏈接：http://www.cnblogs.com/xingshansi/p/6511916.html 前言 本文為 ...