利用ovito來計算MSD

1.python script：

import numpy

def modify(frame, data):
# Access the per-particle displacement magnitudes computed by the
# 'Displacement Vectors' modifier preceding this user-defined modifier in the
# data pipeline:
displacement_magnitudes = data.particles['Displacement Magnitude']

# Compute MSD:
msd = numpy.sum(displacement_magnitudes ** 2) / len(displacement_magnitudes)

# Output value as a global attribute to make it available within OVITO:
data.attributes["MSD"] = msd

 

2.ovito中的操作

（1）打開unwrap trajectories  ，目的是不考慮周期性原子，計算會才會准。

（2）打開以下的功能，運行后，再選擇“File”——“export file”，導出數據。