1 rdf
rdf又稱g( r )，rdf的計算與輸出通過以下命令計算輸出：
compute ID group-ID rdf Nbin itype1 jtype1 itype2 jtype2 ...
fix ID group-ID ave/time Nevery Nrepeat Nfreq value1 value2 ... keyword args ...
其中，Nbin類似於切片數，數也多，可能曲線會更連續，光滑，但過多會影響計算效率。一般200-500足夠。itype1是徑向分布函數的中心原子， jtype1是被統計的原子。fix ave/time命令能夠對任何全局量進行時間平均，由用戶指定一個或多個需要進行時間平均的物理量。
Nevery，Nrepeat和Nfreq參數指定在什么時間步上使用輸入值以貢獻平均值。 最終的平均每Nfreq生成產生一次。 由相隔Nevery個時間不到的Nrepeat個值得到、因此，Nfreq必須是Nevery的整數倍，Nevery必須是非零（即使Nrepeat為1，Nevery也必須為非零）。且用於計算的相鄰平均值的時間步長不能重疊，即Nrepeat *Nevery每個值都不能超過Nfreq。例如，如果Nevery = 2，Nrepeat = 6和Nfreq = 100，則時間步90,92,94,96,98,100的值將為用於計算時間步長100的最終平均值。類似地，時間步長190,192,194, 196,198,200的值將用於計算時間步長200的值。如果Nrepeat = 1且Nfreq = 100，則不進行時間平均，命令產生的值是時間步100，200的值。value=c_ID, c_ID[N], f_ID, f_ID[N], v_name。其中，如果是通過compute命令計算的結果，則用“c_ID”或者添加后綴輸出。如果是通過fix命令計算的結果，則通過"f_ID"或者添加后綴輸出。這里rdf是通過compute計算得到，后面輸出則為c_ID。mode可選scalar或者vector。這里rdf輸出為全局矢量，故選mode vector。
輸出結果按列依次為序號，c_ID[1]，c_ID[2]，c_ID[3]。c_ID[1]為group到原點的距離，即x軸，c_ID[2]為g( r )，c_ID[3]為coor( r )，即 g( r )的積分。
例如以下命令可用於輸出每500000步的rdf值，在截斷半徑范圍內，距離被分成100段：
compute rd1 hbond1 rdf 100 2 6 #rdf of OH-Ow
fix hb1 hbond1 ave/time 500000 1 500000 c_rd1[1] c_rd1[2] c_rd1[3] file rdf.hb1 mode vector
2 msd
msd計算材料的均方位移，msd計算與輸出通過以下命令計算輸出：
compute ID group-ID msd keyword values ...
fix ID group-ID ave/time Nevery Nrepeat Nfreq value1 value2 ... keyword args ...
其中keyword = com或者average，值可以為yes或者no。
輸出結果按列依次為c_ID[1]，c_ID[2]，c_ID[3]，c_ID[4]。前3行一次為xyz方向上的msd值，第4行為總的msd值。
例如以下命令可用於輸出每500000步的msd值：
compute md1 w_03A msd
fix msd01 w_03A ave/time 500000 1 500000 c_md1[*] file w_03A.msd mode vector
3 group/group
group/group計算材料的相互作用能，由以下命令計算輸出：
compute ID group1-ID group/group group2-ID keyword value ...
thermo_style style args
thermo Nsteps
其中，關鍵詞 pair value = yes (or no)；kspace value = no(or yes)；boundary value = yes(or no)，通常按默認的來即可。thermo_style按照自己需要的格式輸出，具體可以見手冊。
相互作用能為全局標量，可通過thermo_style輸出，輸出結果用c_ID。
例如以下命令可用於輸出每5000步的msd值：
compute tot sio2_l group/group sio2_r #interaction
thermo_style custom step temp etotal c_tot
thermo 5000
4 com
com用來計算材料的質心，由一下命令輸出：
compute ID group-ID com
thermo_style style args
thermo Nsteps
相互作用能為全局矢量，可通過thermo_style輸出，輸出結果用c_ID[1]，c_ID[2]，c_ID[3]，分別代表質心的三個坐標。默認輸出未折疊的坐標，如果粒子出了盒子，按照實際坐標輸出，而非鏡像粒子的坐標。
例如以下命令可用於輸出每5000步的msd值：
compute centl sio2_l com
thermo_style custom c_centl[1] c_centl[2] c_centl[3]
thermo 5000
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