.Download
1.American Mineralogist Crystall Structure Database ： http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php
下載AMC文件——導入Vesta，導出VMD支持文件，如pdb文件——導入VMD三種方式：1.pdb文件直接拖到display視圖窗口；2.直接拖到VMD Main頁面；3.File>New Molecule>browse>load
二.建晶胞
1.從上一步中找出晶格參數如下圖：
2.VESTA中擴成 nxnxn ——導出pdb
3.VMD以生成的pbd為基礎建模，移動，加水，合成一個整體，加個盒子並導出data
3.1選擇模型移動並寫出移動后的pdb
3.2.加水
（見我另一條博客）
3.3.合並各部分pdb並寫出模型pdb
#打開另一個文件，並疊加到第一個文件結構上：mol addfile filename.pdb
3.4.建立晶格(盒子）及周期性
pbctools : https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/pbctools/
pbc set {a b c} 或 pbc set {a b c alpha bata gamma} 【手動定義盒子，需要上一步晶格參數】 pbc box –on【顯示盒子#也可不顯示】 pbc box -center origin【設定盒子的中心位置為{0 0 0}，而默認的盒子{0 0 0}點在盒子角上】 pbc wrap –all【將粒子折回盒子內】 pbc wrap -shiftcenterrel {-0.5 -0.5 -0.5}我們希望wrap后坐標的中心在{0 0 0}處，然而，默認情況下，wrap的中心在{L/2 L/2 L/2}處，所以我們要將其平移回來！ pbc box -center origin -style tubes -width 1 -color gray【設置盒子中心，線性，線寬， 顏色】 pbc join res -border 5 【接上由於pbc導致的盒子邊界處的斷鍵】
3.5.盒子也需要保存
3.6.定義生成文件位置並寫出data文件
（見我另一條博客）缺鍵，角，鍵長等信息，需要手動添加
（老師說可以vmd生成psf文件，來補全信息。具體因為個人電腦原因還沒操作）
