簡單使用DESeq2/EdgeR做差異分析 Posted: 五月 07, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments DESeq2和EdgeR都可用於做基因差異表達分析，主要也是用於RNA-Seq數據，同樣也可以處理類似 ...

是為什么這兩個包算出來的結果直接是logfoldchange . deseq2 包計算差異使用的是r ...

安裝R包(“RcppArmadillo”)失敗，導致依賴該包的DESeq2 無法使用； 首先對gcc,g++升級至4.7， 但依然報錯，還是安裝不了RcppArmadillo； 報錯如下： $ R > source("https://bioconductor.org ...

在安裝‘DESeq2’這個包的最后出現上面的錯誤。可以看出是‘Biobase’這個包有問題。重新安裝此包后，再一次安裝‘DESeq2’，安裝成功。 library('DESeq2')出現下面問題： 缺少GenomeInfoDb包，繼續安裝 ...

被認為是差異基因，標記為紅色 2) count 圖 （單個基因在不同組 ...

差異表達分析之FDR 隨着測序成本的不斷降低，轉錄組測序分析已逐漸成為一種很常用的分析手段。但對於轉錄組分析當中的一些概念，很多人還不是很清楚。今天，小編就來談談在轉錄組分析中，經常會遇到的一個概念FDR，那什么是FDR?為什么要用FDR呢?一起來學習吧！ 什么是FDR ...

目錄 1. 加載表達矩陣 2. 創建樣本分類表 3. 加載limma包，構建如下矩陣 4. 規定哪一組數據與哪一組數據比較 5. 獲取差異表達數據 6. 導出差異表達數據 1. 加載表達矩陣 2. 創建樣本分類表 獲得類似 ...

1.概述 矩陣 函數 表達矩陣 lmFit 分組矩陣 eBayes 差異比較矩陣 topTable 2.讀取表達矩陣： 得到表達 ...