Deseq2 的可視化策略匯總


1) MA圖
 

 

對於MA圖而言, 橫坐標為該基因在所有樣本中的均值,basemean = (basemean_A + basemean_B ) / 2, 縱坐標為 log2Fold change
其中,pvalue < 0.1 以下的點被認為是差異基因,標記為紅色
 
 
2)  count 圖 (單個基因在不同組樣本中的分布)
 

 

 
 
為了防止樣本表達量相同時,點出現重合的情況,添加了擾動
library("ggplot2")
ggplot(d, aes(x=condition, y=count)) + geom_point(position=position_jitter(w=0.1,h=0)) + scale_y_log10(breaks=c(25,100,400))
 
 
 
3) heatmap (基因表達矩陣的heatmap)
值得注意的是,當我們想要通過heatmap 圖來看規律的時候,可以先不對樣本和基因進行聚類,直接按照分組順序來排就好,這樣可以直觀的看出來在不同分組中的規律
 

 

 
4)  heatmap (sample-to-sample 的距離矩陣的熱圖)
 

 

 
此時,可以對樣本進行聚類,看樣本的聚類效果和實驗設計時的分組是否一致;
 
5)PCA 圖(樣本的PCA 圖)
 

 

6) boxplot (觀察離群值點)
 
 
 
 


免責聲明!

本站轉載的文章為個人學習借鑒使用,本站對版權不負任何法律責任。如果侵犯了您的隱私權益,請聯系本站郵箱yoyou2525@163.com刪除。



 
粵ICP備18138465號   © 2018-2025 CODEPRJ.COM