1) MA圖


對於MA圖而言, 橫坐標為該基因在所有樣本中的均值,basemean = (basemean_A + basemean_B ) / 2, 縱坐標為 log2Fold change
其中,pvalue < 0.1 以下的點被認為是差異基因,標記為紅色
2) count 圖 (單個基因在不同組樣本中的分布)


為了防止樣本表達量相同時,點出現重合的情況,添加了擾動
library("ggplot2")
ggplot(d, aes(x=condition, y=count)) + geom_point(position=position_jitter(w=0.1,h=0)) + scale_y_log10(breaks=c(25,100,400))
3) heatmap (基因表達矩陣的heatmap)
值得注意的是,當我們想要通過heatmap 圖來看規律的時候,可以先不對樣本和基因進行聚類,直接按照分組順序來排就好,這樣可以直觀的看出來在不同分組中的規律


4) heatmap (sample-to-sample 的距離矩陣的熱圖)


此時,可以對樣本進行聚類,看樣本的聚類效果和實驗設計時的分組是否一致;
5)PCA 圖(樣本的PCA 圖)


6) boxplot (觀察離群值點)
