limma, edgeR, deseq2,genefilter計算差異R包的foldchange方法差別

 

 差異計算對應生信分析非常重要

 limma,genefilter 包計算差異,數據一定要轉log, 因為 這兩個包計算差異使用的方法是  mean(As)-mean(Bs)   , 也計算是  logAmean-logBmean = log(Amean/Bmean) 

     這也是為什么這兩個包算出來的結果直接是logfoldchange .

 deseq2 包計算差異使用的是raw readscount,整數數據類型,計算差異的方法為 log(mean(As)/mean(Bs)), 是常規理解的平均值的比值.