R語言——limma包進行多組差異表達分析

目錄

• 1. 加載表達矩陣
• 2. 創建樣本分類表
• 3. 加載limma包，構建如下矩陣
• 4. 規定哪一組數據與哪一組數據比較
• 5. 獲取差異表達數據
• 6. 導出差異表達數據

1. 加載表達矩陣

data<-read.table("GSE98793.txt")  #log后的表達矩陣（以2為底）

2. 創建樣本分類表

獲得類似的group列表

group

3. 加載limma包，構建如下矩陣

library(limma)
design <- model.matrix(~0+factor(group))
colnames(design)=levels(factor(group))
rownames(design)=colnames(data)

4. 規定哪一組數據與哪一組數據比較

contrast.matrix<-makeContrasts("HC-MDD",levels=design)  #比較design矩陣中HC與MDD組

5. 獲取差異表達數據

##step1
fit <- lmFit(data,design)
##step2
fit2 <- contrasts.fit(fit, contrast.matrix)
fit2 <- eBayes(fit2)  
##step3
tempOutput = topTable(fit2, coef=1, n=Inf)
nrDEG = na.omit(tempOutput) 

6. 導出差異表達數據

write.table(nrDEG,"limma_nrDEG.txt")