1.概述 矩陣 函數 表達矩陣 lmFit 分組矩陣 eBayes 差異比較矩陣 topTable 2.讀取表達矩陣: 得到表達 ...
目錄 . 加載表達矩陣 . 創建樣本分類表 . 加載limma包,構建如下矩陣 . 規定哪一組數據與哪一組數據比較 . 獲取差異表達數據 . 導出差異表達數據 . 加載表達矩陣 . 創建樣本分類表 獲得類似的group列表 . 加載limma包,構建如下矩陣 . 規定哪一組數據與哪一組數據比較 . 獲取差異表達數據 . 導出差異表達數據 ...
2021-03-06 23:50 0 1681 推薦指數:
1.概述 矩陣 函數 表達矩陣 lmFit 分組矩陣 eBayes 差異比較矩陣 topTable 2.讀取表達矩陣: 得到表達 ...
test.txt:文件格式: gene TCGA-3M-AB46-01A-11R-A414-31 TCGA-3M-AB47-01A-22R-A414-31 TCGA-B7-A5TK-01A-12R ...
差異計算對應生信分析非常重要 limma,genefilter 包計算差異,數據一定要轉log, 因為 這兩個包計算差異使用的方法是 mean(As)-mean(Bs) , 也計算是 logAmean-logBmean = log(Amean/Bmean) 這也 ...
簡單使用limma做差異分析 Posted: 五月 12, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 首先需要說明的是,limma是一個非常全面的用於分析芯片以及RNA-Seq的差異分析,按照其文章所說: limma ...
接前一篇: 用R和BioConductor進行基因芯片數據分析(五):芯片間歸一化 經過一系列的預處理,包括缺失值填充,中位數計算以及歸一化,我們的數據終於可以用啦。 下面我們就來分析一下new population和old population的個體是否有差異表達基因。 判斷一個基因是否 ...
最近打算開始寫一個多組學(包括宏基因組/16S/轉錄組/蛋白組/代謝組)關聯分析的R包,避免重復造輪子,在開始之前隨便在網上調研了下目前已有的R包工具,部分羅列如下: 1. mixOmics 應該是在多組學領域知名度最高的一個R包,有專門的團隊,做了十余年了,引用量也比較高。 官網:http ...
方差檢驗可以評估組間的差異。依據檢驗的結果,雖然你可以拒絕不存在差異的原假設,但方差檢驗並沒有告訴你哪些組顯著地與其他組有不同。Robert 在 《R in Action》一書中推薦了一個包-npmc: 該包提供了一種非參數多組比較程序。在控制犯第一類錯誤的概率(發現一個事實上並不存在的差異的概率 ...
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