原文:用popart構建常染色體單倍型網絡(Autosomal haplotypes network construction with popart)

將vcf轉化為plink格式,假定輸入的vcf文件名為: .vcf,也可以參考鏈接:將vcf文件轉化為plink格式並且保持phasing狀態 vcftools vcf .vcf plink tped out plink tfile recode out 用PLINK確定要研究的位點是否處於連鎖的狀態 生成blocks和blocks.det兩種后綴格式文件 plink file blocks n ...

2018-10-30 19:22 2 2214 推薦指數:

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基因染色體定位

1.基因染色體定位TBtools Graphics-show gene on chr-第一個 文件准備: ①染色體長度信息 ②基因位置信息 #①:染色體長度文件 用基因組序列提取每條染色體的長度信息,結果是NC_開頭的基因組編號,不是染色體號 記錄 ...

Fri Dec 10 18:58:00 CST 2021 0 4019
3D-DNA 掛載染色體

3D-DNA是一款簡單,方便的處理Hi-C軟件,可將contig提升到染色體水平。其githup網址:https://github.com/theaidenlab/3d-dna 3D-DNA流程簡介 將Hi-C數據比對到draft.genome.fa。(利用Juicer分析Hi-C ...

Fri Apr 24 03:37:00 CST 2020 0 2677
細胞,染色體,DNA與基因的關系

資料來源: 細胞、染色體、DNA和基因的關系 細胞核中包含染色體,人體共有23對染色體(22+XY/XX),染色體由DNA組成,DNA是由互補鹼基對組成的雙螺旋結構,DNA鏈中只有一部分信息可以編碼為蛋白質,這些蛋白質是構成細胞和組織最小的組成成分,這些有效編碼的部分稱為gene,而不能有效編碼 ...

Wed Jun 24 23:40:00 CST 2020 0 2646
對性染色體進行關聯分析

歡迎來到"bio生物信息"的世界 1 前言 早期的研究普遍只做常染色體的全基因組關聯分析,很少做性染色體的。 主要原因是性染色體的遺傳模式比較復雜,存在X染色體失活,而且男女效應值不大一樣。 其次,也不是所有的表型都是男女有差異的。 再然后,也沒有很好的工具計算性染色體的關聯分析 ...

Tue Nov 19 04:26:00 CST 2019 0 297
染色體共線性可視化

摘要 基因組組裝質量的評估手段之一就是用現有的參考基因組和組裝的基因組進行共線性分析,級別有全基因組的共線性分析和染色體級別的共線性分析,全基因組級別的共線性可以用circlize進行可視化,現在進行染色體級別的共線性分析可視化。 准備工作 用NUCMER進行染色體級別的比對 ...

Tue Aug 17 19:40:00 CST 2021 0 197
 
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