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絮語：
重建單倍型網絡是群體遺傳學的一個重要分析內容，最常用的分析工具有Network、TCS等，但不同工具都有相應的優缺點，具有詳見日志后的參考文獻，本文不作贅述。
本文介紹一款全能型的單倍型網絡重建工具-- PopART，該軟件整合了多種不同的單倍型網絡重建算法，支持Windows、Linux、MacOS多平台...
PopART 官網：http://popart.otago.ac.nz/index.shtml
輔助工具：DnaSP 和 Arlequin
簡明流程：
1. 數據格式准備：
PopART 數據格式，主要有兩個data和Traits模塊，紅色部分為主要模板參數，黑色部分需要通過實際數據修改：
Begin Data;
Dimensions ntax=12 nchar=13;
Format datatype=DNA missing=N gap=-;
Matrix
單倍型數據（需要替換上實際數據）
;
END;
Begin Traits;
Dimensions NTraits=4;
format labels=yes missing=? separator=Comma;
TraitLabels Fujian Hebei Heilongjiang Jiangsu;
Matrix
單倍型頻率分布數據（需要替換上實際數據）
;
End;
Raindy 注：
Data 模塊中，ntax是單元類別數，nchart是字符長度，即：序列長度
Traits模塊中，NTraits是性狀數，示例數據為不同地區群體，共有四個；separator是不同性狀群體間的分隔符，可以是逗號也可以是Tab制表符，需要下方的數據統一。示意數據是Comma分隔；TraitLabels是具有的性狀名稱，不同名稱之間由半角空格間隔；
（1）准備 Haplotype 數據和頻率分布數據
將原始FASTA格式的序列文件載入DnaSP后，點擊菜單欄“Data”的“Defined Seeuence sets”對序列根據特定的性狀進行分組（圖1），示例數據根據地區分組，分組完畢 “Update All Entries”。
隨后，依次點擊菜單欄“Generate”->“Haplotye data file”將分組后的數據生成“Arlequin Haplotype List”文件，生成Test.arp和Test.hap 兩個文件，Test.arp用Arlequin的方案文件，Test.hap為單倍型數據文件。
將Test.arp和Test.hap復制到Arlequin目錄中，打開Arlequin主程序，通過“Open project”載入“Test.arp”（圖）
標簽切換到“Structure Edior”對不同地區的群體進行歸組，示例數據的不同群體均為一個組，故“Group”均設置為“1”，並點擊“Update Project”更新項目分組內容：
標簽切換到“Settings”選擇不同的分析內容，可以點擊“Population comparison”選項（由灰變暗紅即啟用），勾選“Compute pairwise Fst”選項，其他參數采用默認設置：
在生成結果文件（Test_main.html）中找到“Haplotype frequencies in populations”內容，復制不同單倍型在不同群體中的頻率分布值（下圖突出選中區域），粘貼入一個空的記事本中並保存為Test_frq.txt。
運行 Excel后打開Test_frq.txt通過導入向導（注意：間隔符號為空格）導入頻率文件，並整理如下格式圖備用（文件名：Test_frq.xlsx）
（2）合並單倍型數據和頻率分布為PopART所需的Nexus文件
用文本編輯類工具（如：Notepad++等）創新一個模板文件，分別在Data模塊和Traits相應的位置中添加入單倍型數據和頻率分布數據，完整如下代碼所示：
#NEXUS
Begin Data;
Dimensions ntax=12 nchar=13;
Format datatype=DNA missing=N gap=-;
Matrix
Hap_1 TACATCAGGGTAG
Hap_2 TACATCAGGGTAC
Hap_3 TACATTAGGGTAC
Hap_4 TCCACCAGGGAAC
Hap_5 TCCATCAGGGTAC
Hap_6 TACATCAGGGTCC
Hap_7 TACAACAGCTTAC
Hap_8 TACAACAGGGTAC
Hap_9 CACCACCACGTAC
Hap_10 TATAACAAGGTAC
Hap_11 TACTTCAGGGAAC
Hap_12 TACAACAGGGAAC
;
END;
Begin Traits;
Dimensions NTraits=4;
format labels=yes missing=? separator=Comma;
TraitLabels Fujian Hebei Heilongjiang Jiangsu;
Matrix
Hap_1 10,0,0,0
Hap_2 19,9,12,10
Hap_3 1,0,0,0
Hap_4 1,0,0,0
Hap_5 1,0,0,0
Hap_6 0,0,1,0
Hap_7 0,0,1,0
Hap_8 0,0,2,0
Hap_9 0,0,1,0
Hap_10 0,0,0,7
Hap_11 0,0,0,2
Hap_12 0,0,0,1
;
End;
2. 繪制單倍型網絡
在PopART中載入格式正確的nexus文件后，在“Network”菜單下選擇一個算法，示例為“TCS Network”，此時默認生成的是黑白樣式的，如下圖所示：
可以在“Edit”菜單下設置包括性狀顏色、標簽字體和圖注字體等屬性：
如果需要修改性狀顏色，在右下角圖注選擇相應的圓圈（如：Fujian前的圓圈），鼠標右鍵彈出“Change trait colour”設置不同的顏色。在PopART中，很多元件（如：單倍型標簽、圖注和外框邊界）都可以直接拖動。
設置完畢后的Haplotype Network可以“File”菜單中導出矢量的圖形，為便於后期在AI中進一步美化，推薦導出svg格式：
以下示意為Minimum Spanning Network算法重建的單倍型網絡圖：
Raindy注：PopART除了可以選擇不同算法重建單倍型網絡圖外，還可以結合地圖（map）進行呈現...
參考文獻：
Leigh, J.W., Bryant, D., 2015. popart: full-feature software for haplotype network construction. Methods in Ecology and Evolution 6, 1110-1116.