1 Theta (\( \theta \)) 群體遺傳學中,在中性 Wright-Fisher 模型 (neutral Wright-Fisher model) 下,尺度參數為 \[\theta = 4N\mu\] 為每世代平均突變數的兩倍。其中,\(N\) 為有效群體大小 ...
轉載於:http: blog.sciencenet.cn home.php mod space amp uid amp do blog amp id 絮語: 重建單倍型網絡是群體遺傳學的一個重要分析內容,最常用的分析工具有Network TCS等,但不同工具都有相應的優缺點,具有詳見日志后的參考文獻,本文不作贅述。 本文介紹一款全能型的單倍型網絡重建工具 PopART,該軟件整合了多種不同的單倍型 ...
2021-01-20 13:57 0 608 推薦指數:
1 Theta (\( \theta \)) 群體遺傳學中,在中性 Wright-Fisher 模型 (neutral Wright-Fisher model) 下,尺度參數為 \[\theta = 4N\mu\] 為每世代平均突變數的兩倍。其中,\(N\) 為有效群體大小 ...
1、PED簡介 PED文件格式是廣泛使用的用於連鎖系譜數據分析的格式,並用作plink程序的輸入。PLINK是一個免費的,開源的全基因組關聯分析工集,旨在以高計算效率的方式執行一系列基本的,大規模的 ...
--out test_out 群體遺傳學中,經常提到群體間隨機交配,隨機交配是Hardy-We ...
1)將vcf轉化為plink格式,假定輸入的vcf文件名為:17893893-17898893.vcf,也可以參考鏈接:將vcf文件轉化為plink格式並且保持phasing狀態 /vcfto ...
實驗材料 構建的群體,或自然群體,如各地方品種。 RAD文庫構建 提取DNA后,構建文庫,簡要步驟如下: ① 限制性內切酶TaqI酶切; ② 連接P1接頭; ③ DNA隨機打斷片斷化; ④ 目的片段回收與末端修復; ⑤ 連接P2接頭; ⑥ RAD片段富集; ⑦ 上機測序。 參考:Rapid ...
鏈接:https://www.jianshu.com/p/c489da8e75ff 群體遺傳學介紹 傳統群體遺傳學是基於觀察到的等位基因頻率與預期頻率的分析。例如,在Wright-Fisher模型下,你可能會看到有性繁殖的二倍體個體群體,而且這些種群沒有重疊世代。該模型 ...
基因調控網絡的概念在之前已經簡要介紹過:https://www.cnblogs.com/pear-linzhu/p/12313951.html 沃丁頓表觀遺傳景觀(The Waddington's epigenetic landscape) 是描述基因調控下細胞分化的動態性的一個經典的隱喻 ...
群體結構圖形——structure堆疊圖 2016/05/17 分享到: 之前基迪奧已經為大家介紹過群體結構兩種圖形——PCA圖和系統發生樹,今天我們來介紹最后一種圖形——structure堆疊圖 ...