原文:【群體遺傳】PopART 繪制 Haplotype Network 圖解(By Raindy)

轉載於:http: blog.sciencenet.cn home.php mod space amp uid amp do blog amp id 絮語: 重建單倍型網絡是群體遺傳學的一個重要分析內容,最常用的分析工具有Network TCS等,但不同工具都有相應的優缺點,具有詳見日志后的參考文獻,本文不作贅述。 本文介紹一款全能型的單倍型網絡重建工具 PopART,該軟件整合了多種不同的單倍型 ...

2021-01-20 13:57 0 608 推薦指數:

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群體遺傳參數

1 Theta (\( \theta \)) 群體遺傳學中,在中性 Wright-Fisher 模型 (neutral Wright-Fisher model) 下,尺度參數為 \[\theta = 4N\mu\] 為每世代平均突變數的兩倍。其中,\(N\) 為有效群體大小 ...

Sun Nov 10 04:04:00 CST 2019 0 330
群體遺傳之ped格式

1、PED簡介 PED文件格式是廣泛使用的用於連鎖系譜數據分析的格式,並用作plink程序的輸入。PLINK是一個免費的,開源的全基因組關聯分析工集,旨在以高計算效率的方式執行一系列基本的,大規模的 ...

Mon Dec 16 06:38:00 CST 2019 0 245
群體遺傳之近交系數

--out test_out   群體遺傳學中,經常提到群體間隨機交配,隨機交配是Hardy-We ...

Thu Sep 26 21:29:00 CST 2019 0 527
重測序(RADseq)做群體遺傳分析套路

實驗材料 構建的群體,或自然群體,如各地方品種。 RAD文庫構建 提取DNA后,構建文庫,簡要步驟如下: ① 限制性內切酶TaqI酶切; ② 連接P1接頭; ③ DNA隨機打斷片斷化; ④ 目的片段回收與末端修復; ⑤ 連接P2接頭; ⑥ RAD片段富集; ⑦ 上機測序。 參考:Rapid ...

Wed May 13 23:40:00 CST 2020 0 2049
群體遺傳學習筆記-基礎篇

鏈接:https://www.jianshu.com/p/c489da8e75ff 群體遺傳學介紹 傳統群體遺傳學是基於觀察到的等位基因頻率與預期頻率的分析。例如,在Wright-Fisher模型下,你可能會看到有性繁殖的二倍體個體群體,而且這些種群沒有重疊世代。該模型 ...

Thu Jul 04 23:57:00 CST 2019 0 731
群體結構分析

群體結構圖形——structure堆疊圖 2016/05/17 分享到: 之前基迪奧已經為大家介紹過群體結構兩種圖形——PCA圖和系統發生樹,今天我們來介紹最后一種圖形——structure堆疊圖 ...

Sun Oct 28 18:55:00 CST 2018 0 5018
 
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