原文:鏈特異性轉錄組測序

鏈特異性轉錄組測序 非鏈特異性轉錄組測序信息不包含鏈方向的特征信息,對正義和反義轉錄本無法准確判斷,導致無法反映真實的轉錄情況。而鏈特異性轉錄組測序 strand specific RNA seq 可以解決這個問題。鏈特異性建庫的方式是在合成cDNA的第二條鏈時,用dUTP替換dTTP。待鏈合成后,再用USER酶降解cDNA的第二條鏈並再次進行PCR擴增,完成文庫的制備。運用這種方法,可以在測序 ...

2018-10-19 11:05 0 1741 推薦指數:

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特異性建庫的理解

剛接觸高通量測序的時候就知道有特異性建庫這么個概念,當時 ...

Thu Oct 18 18:50:00 CST 2018 0 1265
(史上最全)SNP位點與轉錄因子結合特異性數據庫:GVATdb

眾所周知,全基因關聯分析(GWAS)發現的很多變異位點基本為非編碼,這些變異位點1)要么調控基因表達(eQTL); 2)要么影響增強子活性; 3)要么影響轉錄因子(TF)結合特異性; 4)要么啥也不是。 針對以上四種情況: 1)是否調控基因表達(eQTL)可通過GTEx(https ...

Sat Feb 06 04:53:00 CST 2021 0 550
聯合使用PrediXcan、MetaXcan基於GWAS結果預測靶基因及特異性組織的表達(又名全轉錄組分析Transcriptome-Wide AnalysisS)

PrediXcan , SPrediXcan,MetaXcan是近些年基於GWAS后續分析開發出來的工具。 主要功能是在組織和表達的層面預測影響表型的基因,彌補了GWAS只能在基因層面解釋表型的不足。 下面是這幾個工具的工作流程: 今天給大家介紹一下如何使用SPrediXcan ...

Sat Jun 20 05:26:00 CST 2020 4 1376
空間轉錄測序 概述

空間轉錄測序 概述 在多細胞生物中,單個細胞的基因表達嚴格按特定的時間和空間順序發生,即基因表達具有時間特異性和空間特異性。時間特異性可以通過對不同時間點的樣本取材,使用單細胞轉錄測序技術來解析時間維度上細胞類型和基因表達模式。空間特異性信息則相對較難獲得。常規轉錄測序和單細胞轉錄測序 ...

Mon Jun 28 04:36:00 CST 2021 0 828
 
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