一、下載安裝ncbi-blast（一定要是最新版本，在這里吃了苦頭）
下載地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/
安裝blast：按照提示安裝即可
這里我們要用到主要的文件為：rpsblast.exe
二、下載對比數據庫
下載地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/
這里可以選擇nr庫和swissprot庫，因為nr庫太大，下載時間長，這里我選擇使用swissprot庫，下載到本地之后，不需要做成本地數據庫，如果需要做成本地數據庫，指令為：makeblastdb -in swissprot -dbtype prot -title "swissprot" -out swissprot(這里要用cmd命令切換地址到下載的blast/bin目錄下運行該命令)
三、獲得PSSM文件
將自己需要的fasta序列准備好，同樣要在blast/bin目錄下運行：psiblast.exe -db swissprot -query 0.txt -evalue 0.001 -num_iterations 3 -out_ascii_pssm 0.pssm
這里：0.txt文件就是我准備查詢的fasta序列， 0.pssm就是輸出的pssm文件其它參數都設置為常用數值，需要了解，可查閱其它資料
運行結束得到0.pssm文件，文件內容如下：
這里我們需要的PSSM矩陣就為L*20（L為所使用的fasta序列的長度，20個氨基酸），如下所示：
這就是一個fasta序列的位置特異性矩陣(PSSM)的獲得。
注意：該指令是一個fasta序列的pssm矩陣，如果批量獲取，編寫程序，讓其批量運行並保存即可。
前期所有fasta序列的處理：https://www.cnblogs.com/cong3Z/p/12775480.html