原文:edgeR

簡介 edgeR作用對象是count文件,rows 代表基因,行代表文庫,count代表的是比對到每個基因的reads數目。它主要關注的是差異表達分析,而不是定量基因表達水平。 edgeR works on a table of integer read counts, with rows corresponding to genes and columns to independent lib ...

2018-09-14 15:43 0 1693 推薦指數:

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edgeR

edgeR:Empirical Analysis of Digital Gene Expression Data in R 一個差異性分析的R包,用於RNA-seq或DNA甲基化等相關技術分析。 其原理利用廣義線性模型對每個基因或者甲基化位點建模,然后直接比較線性模型的參數。 輸入要求 ...

Wed Jul 19 07:28:00 CST 2017 0 3751
edgeR的使用

edgeR包是進行RNA-seq數據分析非常常用的一個R包。該包需要輸入每個基因關於每個樣本的reads數的數據,每行對應一個基因,每一列對應一個樣本。 安裝edgeR 先啟動R,然后運行下面代碼:if (!requireNamespace("BiocManager", quietly ...

Mon Jun 14 06:25:00 CST 2021 0 1091
edgeR 包的使用

edgeR包是進行RNA-seq數據分析非常常用的一個R包。該包需要輸入每個基因關於每個樣本的reads數的數據,每行對應一個基因,每一列對應一個樣本。建議使用htseq-count進行統計,輸出文件即可直接使用。如果需要算RPKM,需要自己統計基因長度信息。 第一步:構建 ...

Mon Jun 18 18:39:00 CST 2018 0 2507
[轉]edgeR的安裝和后續使用

edgeR的使用 發表於 2013 年 12 月 15 日 1. edgeR簡介與安裝 edgeR,Empirical analsis of digital gene expression data in R. Differential expression ...

Thu Oct 29 06:57:00 CST 2015 0 1787
簡單使用DESeq2/EdgeR做差異分析

簡單使用DESeq2/EdgeR做差異分析 Posted: 五月 07, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments DESeq2和EdgeR都可用於做基因差異表達分析,主要也是用於RNA-Seq數據,同樣也可以處理類似 ...

Sat Nov 10 05:33:00 CST 2018 0 4084
edgeR之配對檢驗分析差異基因的使用教程

edgeR的介紹 背景 RNA-seq表達譜與生物復制的差異表達分析。 實現一系列基於負二項分布的統計方法,包括經驗貝葉斯估計,精確檢驗,廣義線性模型和准似然檢驗。 與RNA-seq一樣,它可用於產生計數的其他類型基因組數據的差異信號分析,包括ChIP-seq,Bisulfite-seq ...

Wed Dec 18 21:50:00 CST 2019 0 803
 
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