Adonis 分析 是基於距離矩陣的多變量方差置換分析, 代碼示例: 默認使用bray 距離來計算樣本間的距離矩陣 參考資料: https://www.rdocumentation.org/packages/vegan/versions/2.4-2/topics ...
Bioenv 分析通過 計算樣本群落結構的距離矩陣和 環境因子的距離矩陣,計算兩個距離之間的相關系數,挑選出最佳的環境因子組合 默認情況下,計算 群落結構的距離矩陣時, 使用 Bray Curtis 距離 計算環境因子的距離矩陣時,使用Euliodean 歐式距離, 計算相關性,則采用 spearman 相關系數 示例用法: 從上面的結果可以看出,最佳的環境因子的組合是P Ca Al , 因為其相 ...
2017-12-15 15:44 0 1936 推薦指數:
Adonis 分析 是基於距離矩陣的多變量方差置換分析, 代碼示例: 默認使用bray 距離來計算樣本間的距離矩陣 參考資料: https://www.rdocumentation.org/packages/vegan/versions/2.4-2/topics ...
這周的作業我開始得好遲啊。。。然而還是要努力做啊。。。 ××××××××××××××我是萌萌噠分割線×××××××××××××××××××××××××××××××××××× 首先,百度進入官方頁面,看到這些: 也就是說,需要先安裝permute和lattice包。那么,如何安裝 ...
vegan 包是進行群落數據分析最常用的R包,其中的 specaccum 函數用來計算物種的累計曲線 首先看下官方示例: 出來的結果圖如下: 那么這幅圖表明了什么含義呢? 首先看下輸入數據 我們簡單的看一下BCI這個數據,它的每一行代表了一個樣本,不同樣 ...
准備工具 : 1 Charles : https://www.charlesproxy.com (收費) 2 夜神模擬器 : https://www.yeshen.com (免費 ...
最近總是有需要單獨對某一個類型的通路進行超幾何分布的p值計算,這里記錄一下python包的計算方法 使用scipy的stat里面的hypergeom.sf方法進行富集分析的p值計算 hsaxxxxx AA and Linoleic metabolism KEGG pathways ...
目錄 1. 加載表達矩陣 2. 創建樣本分類表 3. 加載limma包,構建如下矩陣 4. 規定哪一組數據與哪一組數據比較 5. 獲取差異表達數據 6. 導出差異表達數據 1. 加載表達矩陣 2. 創建樣本分類表 獲得類似 ...
程序經常出現OOM錯誤,然后關鍵字"go pprof"搜到文章<Go程序性能分析pprof>,該文章第二步說運行程序后會生成profile文件,但是編譯運行后發現生成的profile文件大小一直為0,然后關鍵字"go pprof profile is empty"搜到文章 ...
寫在前面:現今絕大多數的網站都使用js來加載數據,傳統的請求方法很難再奏效,對動態數據的爬取現在大都分為兩類爬取方法: 1. 使用Selinium等自動化測試軟件去模擬瀏覽器,這種方法幾乎可以適用於所有網站,但是缺點是效率速度太慢了,如果有別的爬取方法,優先采用其他。 2. 對網頁直接進行抓包 ...