原文:vegan 包進行 Bioenv 分析

Bioenv 分析通過 計算樣本群落結構的距離矩陣和 環境因子的距離矩陣,計算兩個距離之間的相關系數,挑選出最佳的環境因子組合 默認情況下,計算 群落結構的距離矩陣時, 使用 Bray Curtis 距離 計算環境因子的距離矩陣時,使用Euliodean 歐式距離, 計算相關性,則采用 spearman 相關系數 示例用法: 從上面的結果可以看出,最佳的環境因子的組合是P Ca Al , 因為其相 ...

2017-12-15 15:44 0 1936 推薦指數:

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vegan 進行Adonis 分析

Adonis 分析 是基於距離矩陣的多變量方差置換分析, 代碼示例: 默認使用bray 距離來計算樣本間的距離矩陣 參考資料: https://www.rdocumentation.org/packages/vegan/versions/2.4-2/topics ...

Mon Dec 18 18:51:00 CST 2017 0 2452
安裝R語言擴展vegan

這周的作業我開始得好遲啊。。。然而還是要努力做啊。。。 ××××××××××××××我是萌萌噠分割線×××××××××××××××××××××××××××××××××××× 首先,百度進入官方頁面,看到這些: 也就是說,需要先安裝permute和lattice。那么,如何安裝 ...

Sat Nov 05 03:49:00 CST 2016 0 4301
R語言 vegan計算物種累計曲線

vegan 進行群落數據分析最常用的R,其中的 specaccum 函數用來計算物種的累計曲線 首先看下官方示例: 出來的結果圖如下: 那么這幅圖表明了什么含義呢? 首先看下輸入數據 我們簡單的看一下BCI這個數據,它的每一行代表了一個樣本,不同樣 ...

Tue Nov 14 23:12:00 CST 2017 0 3847
python scipy進行GO富集分析p值計算

最近總是有需要單獨對某一個類型的通路進行超幾何分布的p值計算,這里記錄一下python的計算方法 使用scipy的stat里面的hypergeom.sf方法進行富集分析的p值計算 hsaxxxxx AA and Linoleic metabolism KEGG pathways ...

Thu Aug 22 19:25:00 CST 2019 0 909
R語言——limma進行多組差異表達分析

目錄 1. 加載表達矩陣 2. 創建樣本分類表 3. 加載limma,構建如下矩陣 4. 規定哪一組數據與哪一組數據比較 5. 獲取差異表達數據 6. 導出差異表達數據 1. 加載表達矩陣 2. 創建樣本分類表 獲得類似 ...

Sun Mar 07 07:50:00 CST 2021 0 1681
使用golang的pprof對程序進行性能分析

程序經常出現OOM錯誤,然后關鍵字"go pprof"搜到文章<Go程序性能分析pprof>,該文章第二步說運行程序后會生成profile文件,但是編譯運行后發現生成的profile文件大小一直為0,然后關鍵字"go pprof profile is empty"搜到文章 ...

Sat Jun 02 03:56:00 CST 2018 0 1148
對B站各種數據進行分析

寫在前面:現今絕大多數的網站都使用js來加載數據,傳統的請求方法很難再奏效,對動態數據的爬取現在大都分為兩類爬取方法: 1. 使用Selinium等自動化測試軟件去模擬瀏覽器,這種方法幾乎可以適用於所有網站,但是缺點是效率速度太慢了,如果有別的爬取方法,優先采用其他。 2. 對網頁直接進行 ...

Wed Jul 17 17:22:00 CST 2019 1 4314
 
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