vegan 包進行 Bioenv 分析


Bioenv 分析通過 計算樣本群落結構的距離矩陣和 環境因子的距離矩陣,計算兩個距離之間的相關系數,挑選出最佳的環境因子組合;

 

 

 

默認情況下,計算 群落結構的距離矩陣時, 使用 Bray-Curtis 距離; 計算環境因子的距離矩陣時,使用Euliodean 歐式距離, 計算相關性,則采用 spearman 相關系數;

示例用法:

> # The method is very slow for large number of possible subsets.
> # Therefore only 6 variables in this example.
> data(varespec)
> data(varechem)
> sol <- bioenv(wisconsin(varespec) ~ log(N) + P + K + Ca + pH + Al, varechem)
> sol

Call:
bioenv(formula = wisconsin(varespec) ~ log(N) + P + K + Ca +      pH + Al, data = varechem)

Subset of environmental variables with best correlation to community data.

Correlations:    spearman
Dissimilarities: bray
Metric:          euclidean

Best model has 3 parameters (max. 6 allowed):
P Ca Al
with correlation  0.4004806

> summary(sol)
                    size correlation
P                      1      0.2513
P Al                   2      0.4004
P Ca Al                3      0.4005
P Ca pH Al             4      0.3619
log(N) P Ca pH Al      5      0.3216
log(N) P K Ca pH Al    6      0.2822

從上面的結果可以看出,最佳的環境因子的組合是P Ca Al , 因為其相關系數是最高的;

結果展現形式:

 

 

bioenv 分析的使用場景:

挑選合適的環境因子進行后續分析,當環境因子的個數較多時,可以使用bioenv 分析,挑選出相關性最高的環境因子的組合;

存在的問題:

當多個環境因子的組合相關系數差不多時,如果單純的按照相關系數的值挑選1個最高的環境因子的組合,可能漏掉部分關鍵的環境因子;

參考資料:

https://www.rdocumentation.org/packages/vegan/versions/2.4-2/topics/bioenv

http://www.int-res.com/articles/meps/92/m092p205.pdf


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