安裝R語言擴展包vegan


這周的作業我開始得好遲啊。。。然而還是要努力做啊。。。

××××××××××××××我是萌萌噠分割線××××××××××××××××××××××××××××××××××××

首先,百度進入官方頁面,看到這些:

也就是說,需要先安裝permute和lattice包。那么,如何安裝??

首先下載.tar.gz,然后在命令行

sudo R CMD INSTALL package.tar.gz

進入R環境,使用library()查看現在已經安裝的包

×××××××××××××××××××××××××××××××××××××我是超級無敵可愛的分割線××××××××××××××××××××××××××××××××××××

下面的內容來自vegan tutorial

Ordination分類:

1. Non-metric Multidimensional scaling

使用isoMDS函數計算,需要用vegdist作為輸入。vegdist里存放的是表示群落之間不相似性程度的值,典型的是Bray-Curtis dissimilarity。

××××××××××××××我是萌萌噠分割線×××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××

這里插播一下Bray-Curtis dissimilarity的概念和計算

 C_{ij}  is the sum of the lesser values for only those species in common between both sites. (1和3,取1)

 S_i  and  S_j  are the total number of specimens counted at both sites

 


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