這周的作業我開始得好遲啊。。。然而還是要努力做啊。。。
××××××××××××××我是萌萌噠分割線××××××××××××××××××××××××××××××××××××
首先,百度進入官方頁面,看到這些:
也就是說,需要先安裝permute和lattice包。那么,如何安裝??
呃
首先下載.tar.gz,然后在命令行
sudo R CMD INSTALL package.tar.gz
進入R環境,使用library()查看現在已經安裝的包
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下面的內容來自vegan tutorial
Ordination分類:
1. Non-metric Multidimensional scaling
使用isoMDS函數計算,需要用vegdist作為輸入。vegdist里存放的是表示群落之間不相似性程度的值,典型的是Bray-Curtis dissimilarity。
××××××××××××××我是萌萌噠分割線×××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××
這里插播一下Bray-Curtis dissimilarity的概念和計算
is the sum of the lesser values for only those species in common between both sites. (1和3,取1)
and
are the total number of specimens counted at both sites