R實際是通過命令操作軟件，命令實際是在調用函數。
R包是R函數、數據、預編譯代碼以一種定義完善的格式組成的集合，包括R程序，運行該程序的其他語言（比如Java/C/Fortran），解釋這個程序功能、方法的幫助文檔，例子、測試數據等。
只有當一個包被載入時，它的內容才可以被訪問。一些常用、基本的程序包已經被收入了標准安裝文件中，R安裝好之后就可以使用，包括base、methods、datasets、utils、grDevices、graphics、stats。隨着新的統計分析方法的出現，即便標准安裝文件中所包含的程序包也隨着版本的更新而不斷變化。所以程序包的操作是基礎。
一、程序包操作的基本命令
1、安裝包：
安裝包的基本命令
install.packages("package_name","dir")
package_name：要安裝的R包的名稱，R嚴格區分大小寫。
dir：包安裝的路徑。默認R安裝的文件夾下的library文件夾中。
默認安裝最新版的。安裝包的過程中如果需要引用到關聯R包，也會自動安裝。
多個包可以通過一個數組來安裝
install.packages(c("package 1","package 2",···))
以安裝rJava為例：
*Windows系統為例，塗改部分為個人用戶名。
*紅框部分是臨時存儲的包的安裝文件，不用擔心占用C盤空間，會自動刪除。如果C盤確實沒有空間了建議參照修改修改用戶變量的那篇文章，更換一下臨時存儲文件的位置。
2、加載包：
使用包之前需要先加載到內存，默認R啟動后自動加載基本包，加載包命令：
library("package_name")
require("package_name")
library() 忽略參數可以列出所有已經安裝的包
3、卸載包：
remove.packages("package_name")
4、查看包的相關信息：
（1）查看幫助信息：
library(help="package_name")
主要內容包括：包名、版本、作者、功能描述、開源協議、存儲位置、更新時間、主要的函數。針對的是已經安裝的版本。
以rJava為例：
help(package="package_name")
主要內容包括：包的內置所有函數，是更為詳細的幫助文檔，同官網內容。
（2）查看當前環境加載了哪些包
find.package( )
path.package( )
結合加載包的命令，以ggplot2為例，順便認識一下標准安裝文件中的基本包。
（3）移除包出內存
detach( )
移除內存中人為加載的包，僅保留基本包。
在開始新的任務之前釋放更多的內存空間也非常重要。
（4）查看這個包里的數據
data(package="package_name")
以ggplot2為例：
data(diamonds,package="ggplot2")
二、生物信息分析常用R程序包的三個來源
1、CRAN網站（http://cran.r-project.org/），多種鏡像支持，可以選擇最近的鏡像來減少網絡負載。當然最近的鏡像如果沒有及時更新的話，可能也會出現安裝問題，使用基本安裝包的命令即可安裝。
2、BIOCONDUCTOR生物學工具的網站（http://bioconductor.org），包含各種基因組數據分析和注釋的工具。其實也是有鏡像的網址www.bioconductor.org/about/mirrors/。安裝包的R包之前需要先安裝BiocManager工具包，通過工具包現在bioconductor網站上面的R包。安裝命令：
install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
BiocManager::install("package_name")
3、Github是一個開源開發社區（http://github.com），很多開發者會把開發的R包放在上面而不是掛到CRAN上。還有些人會把Github當作服務器，掛載自己網頁的源碼再解析到個人域名上。安裝包的R包之前需要先安裝devtools工具包，通過工具包安裝所需R包的命令：
install.packages("devtools")
library(devtools)
devtools::install_github("package_name")
其實也可下載R包的安裝文件然后本地安裝，在安裝包的時候如果有其他關聯包沒有安裝的話也會出現包無法安裝成功的情況。所以還是建議在線安裝。