R語言 vegan包計算物種累計曲線

vegan 包是進行群落數據分析最常用的R包，其中的 specaccum 函數用來計算物種的累計曲線

首先看下官方示例：

library(vegan)
data(BCI)
sp1 <- specaccum(BCI, method="random")
plot(sp1, ci.type="poly", col="blue", lwd=2, ci.lty=0, ci.col="lightblue")
boxplot(sp1, col="yellow", add=TRUE, pch="+")

出來的結果圖如下：

那么這幅圖表明了什么含義呢？

首先看下輸入數據

> head(BCI[, 1:3])
  Abarema.macradenia Vachellia.melanoceras Acalypha.diversifolia
1                  0                     0                     0
2                  0                     0                     0
3                  0                     0                     0
4                  0                     0                     0
5                  0                     0                     0
6                  0                     0                     0

我們簡單的看一下BCI這個數據，它的每一行代表了一個樣本，不同樣本采樣的地點不同，每一列是1個物種的豐度

最終的物種累計曲線中，橫坐標是樣本個數，縱坐標是發現的物種個數，隨着樣本個數的增加，發現的物種個數也不斷增加；

其實，物種累計曲線反應的就是抽樣個數對物種多樣性的影響；可以看到，當抽樣個數較少時，發現的物種並不全面，並不能表征整個群落結構，隨着抽樣個數的上升，發現的物種數越來越多，也更能表征這個群落結構；

在實際分析中，什么樣的情況表明我們的采樣量足夠了呢，主要看曲線的末端，如果曲線末端部分還呈現 急劇上升的趨勢，表明抽樣量不足；增加樣本量，還能繼續發現新的物種；當曲線末端上升趨勢趨於平緩時，則表明采樣量足夠，