工作中有個真理：如果你連自己所做的工作的來龍去脈都講不清楚，那你是絕對不可能把這份工作做好的。 這適用於任何行業。如果你支支吾吾，講不清楚，那么說難聽點，你在混日子，沒有靜下心來工作。 檢驗標准： ...

randomForest 包提供了利用隨機森林算法解決分類和回歸問題的功能；我們這里只關注隨機森林算法在分類問題中的應用 首先安裝這個R包 安裝成功后，首先運行一下examp ...

vegan 包是進行群落數據分析最常用的R包，其中的 specaccum 函數用來計算物種的累計曲線 首先看下官方示例： 出來的結果圖如下： 那么這幅圖表明了什么含義呢？ 首 ...

微生物16S的OTU聚類工具有很多，最常用的就是 usearch、cdhit-OTU、mothur。 這些工具大多都是針對二代測序平台的，usearch的64bit版本是收費的。 如果要跑PacB ...

16S結題報告中都會有這么一張圖： 這張圖是OTU Rank曲線，該曲線可以展示樣品的多樣性。而樣品的多樣性常通過以下兩個方面進行解釋：物種的豐富程度和均勻程度。Rank曲線中，曲線在橫軸上的跨 ...

qiime 本身不提供聚類的算法，它只是對其他聚otu軟件的封裝 根據聚類軟件的算法，分成了3個方向： de novo： pick_de_nov ...