OTU rank curve(Rank Abundance 曲線)【基本概念】


16S結題報告中都會有這么一張圖:

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這張圖是OTU Rank曲線,該曲線可以展示樣品的多樣性。而樣品的多樣性常通過以下兩個方面進行解釋:物種的豐富程度和均勻程度。Rank曲線中,曲線在橫軸上的跨度越長,表明樣品的物種含量越豐富;曲線越平坦,表示樣品的物種組成越均勻。

圖中,橫坐標按照豐度由高至低排序的OTU數量,縱坐標為OTU豐度。樣本曲線的延伸終點的橫坐標位置為該樣本的OTU數量。若曲線越平滑下降,表明樣本的多樣性高;若曲線快速陡然下降。則表明樣本中的優勢菌群所占比例高,多樣性低。

relative abundance:就是該OTU所包含的序列數除以總的序列數,從上圖可以看出豐度最高的OTU在10%~100%。

不搞清楚原理,這張圖還是很難理解的。

這有點類似於計算N50,把所有OTU按照相對豐度排序,然后一個一個疊加,假設第一個OTU20%,第二個OTU15%,然后依次往后畫圖,連成一條線。

實際上我們最后畫圖的表格就是下面這樣的,很簡單明了。

1498648239(1)

該圖的意義:

1. 物種的豐富程度,橫坐標看到底有多少個OTU

2. 物種的均勻程度,縱坐標隨橫坐標移動趨勢,看OTU豐度的分布趨勢,是速降,還是緩慢下降。

 

參考資料:

Rank Abundance 曲線

環境微生物群落多樣性分析

內部結題報告


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