在群體遺傳學中衡量群體間的遺傳分化的程度的指標有許多種，較為常見的就是遺傳分化指數（Fst），fst是由F統計量演變而來，F統計量主要有三種（FIS，FIF，FST）。Fst是針對一對等位基因，如果基因座上存在復等位基因，則需要用Gst衡量，基因差異分化系數（gene differentiation coefficient，Gst）。假定有s個地方群體，第k個地方群體相對大小為wk，第k個地方群體中第i個等位基因頻率為qk(i)，雜合體頻率觀察值為hk，那么整個群體中觀察到的雜合體頻率平均值HI，地方群體為理想群體的期望雜合體頻率平均值HS，整個群體為理想群體的期望雜合體頻率HT，分別為：
FIS，是HI相對於HS減少量的比值，即地方群體的平均近交系數。
FST，是HS相對於HT減少量的比值，即有親緣關系地方群體間的平均近交系數。
FIT，是HI相對於HT減少量的比值，即整個群體的平均近交系數。
Fst值的取值范圍是【0,1】，最大值為1表明兩個群體完全分化，最小值為0表明群體間無分化。
在實際的研究中Fst值為0--0.05時說明群體間遺傳分化很小，可以不做考慮；
為0.05--0.15時，表明群體間存在中等程度的遺傳分化；
為0.15--0.25時群體間存在較大的遺傳分化；
為0.25以上的時候群體間就存在很大的遺傳分化了。
群體遺傳分化指數Fst該怎么計算呢？今天就與大家分享一下利用vcftools軟件計算Fst值。
首先，如果沒有vcftools這個軟件需要先下載軟件。https://jaist.dl.sourceforge.net/project/vcftools/vcftools_0.1.13.tar.gz。這個vcftools是基於linux系統運行的。而且vcftools官網上也介紹了安裝方法和使用方法，如果感興趣的話，可以訪問詳細了解一下。
計算FST值有兩種情況：一是snp單點計算
vcftools --vcf test.vcf --weir-fst-pop population_1.txt --weir-fst-pop population_2.txt --out P_1_2
其中--vcf 是輸入所需要計算的群體的輸入文件，注意是vcf格式的
--weir-fst-population 這個命令是輸入第一個群體文件，注意是txt文件格式。即population_1.txt，此文件只包含一列，就是群體個體的ID。population_2.txt也是一樣的，是第二個群體的個體的ID。
第二種情況就是按照區域（窗口式）計算
vcftools --vcf test.vcf --weir-fst-pop population_1.txt --weir-fst-pop population_2.txt --out P_1_2 --fst-window-size 500000 --fst-window-step 50000
這個窗口式的計算，就是在后面加上窗口的大小和步長，例如我上述的--fst-window-size 500000 --fst-window-step 50000 窗口設置為500kb，步長設置為50kb。這個窗口的設置沒有一個固定的標准和要求，都是按照自己的需要而定。
好了，上述內容就是用vcftools計算Fst值的方法，雖然很簡單，但是很實用。因為計算Fst值的方法有很多，但是我感覺vcftools還是比較好用的一個，他不僅可以計算單點snp的fst值還可以用滑動窗口的模式計算fst，而且我認為窗口式計算出的Fst值的可靠性要高於單點SNP。
轉載作者：要快樂_更要經歷山河
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