使用vcftools或者gcta計算群體間固定指數（Fixation index，FST）
下列所用到的數據均為千人基因組數據庫 1、通過vcftools計算FST 命令行如下： 其中，input_data.vcf就是輸入的vcf格式 population_1.txt的格式如下： population_2.txt的格式同population_1.txt ...
原文：Fst計算
在群體遺傳學中衡量群體間的遺傳分化的程度的指標有許多種，較為常見的就是遺傳分化指數 Fst ，fst是由F統計量演變而來，F統計量主要有三種 FIS，FIF，FST 。Fst是針對一對等位基因，如果基因座上存在復等位基因，則需要用Gst衡量，基因差異分化系數 gene differentiation coefficient，Gst 。假定有s個地方群體，第k個地方群體相對大小為wk，第k個地方群 ...
2021-04-09 17:53 0 502 推薦指數：
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