前篇：EZH2 | Ezh2 | 組蛋白甲基化酶/組蛋白甲基轉移酶 | 關鍵調控因子
類似Ezh2，都是比較火爆的核心調控因子，與多種疾病和通路有關，可以搜到很多文章都圍繞它來講故事。
目的：鑒定出HDAC1激活和抑制的靶基因。
老套路：
- HDAC1上調，則其激活的target genes必然也會上調；既然是TF，那在promoter肯定有motif enrichment；
- HDAC1上調，則其抑制的target genes必然也會下調；它是以復合體的形式存在的，可以衡量一下復合體的活性；
缺點：
- 這么比也沒錯，但肯定不是最好的，需要wild-type and HDAC1-deficient cells的RNA-seq數據；
背景知識
Histone deacetylases (HDACs) catalyze the removal of acetyl groups from core histones.
組蛋白脫乙酰基酶（HDAC）催化從核心組蛋白中除去乙酰基。
Because of their capacity to induce local condensation of chromatin, HDACs are generally considered repressors of transcription.
由於HDAC具有誘導染色質局部濃縮的能力，因此通常認為HDAC是轉錄的阻遏物。
先了解HDAC的基本情況
在control里面的表達情況
在HSCR里的表達情況
再找targets
Sin3A, NuRD, and CoREST corepressor complexes
在表達文件里確定的subunits的基因名：
Sin3 complex: - HDAC1 - HDAC2 - RBBP4 (RbAp46) - RBBP7 (RbAp48) - SAP30 - SAP18 - SUDS3 (SDS3) NuRD complex: - HDAC1 - HDAC2 - CHD3 - CHD4 - MBD2 - MBD3 - MTA1 - MTA2 - MTA3 - GATAD2A - GATAD2B - RBBP4 (RbAp46) - RBBP7 (RbAp48) CoREST complex: - HDAC1 - HDAC2 - KDM1A (LSD1) - PHF21A (BHC80) - CTBP1 (CtBP) - RCOR1 - RCOR2 - RCOR3
可以設計一個幾何平均來衡量這幾個complex的活性。
一些嘗試
去cistrome里找表觀的數據
HDAC1 Mus musculus Embryonic Stem Cell; Embryo HDAC1 Lee BK, et al. Cell Rep 2015
下載putative targets，根據DEG的方向來過濾。
問題：ChIP-seq里面是不是已經包含了TF的HDAC1和complex的HDAC1？
根據paper去找作為complex的targets，A role for mammalian Sin3 in permanent gene silencing - Mol Cell - 2011
下載promoter array文件，不要管tiling array的文件。
這部分可以作為一個confirmation。
The Nucleosome Remodeling and Deacetylase (NuRD) Complex in Development and Disease
待續~
參考：
google image search: HDAC1
Google HDAC1 target：
Negative and Positive Regulation of Gene Expression by Mouse Histone Deacetylase 1 - 2006 - IF 3.735
The physiological roles of histone deacetylase (HDAC) 1 and 2: complex co-stars with multiple leading parts - 2013 - Biochem Soc Trans - IF 3
A Comparative Study of Target Engagement Assays for HDAC1 Inhibitor Profiling
Histone deacetylase 1 (HDAC1), but not HDAC2, controls embryonic stem cell differentiation - 2010 - PNAS - HDAC1和HDAC2的區別
3 complexes:
Sin3 - Master Scaffold and Transcriptional Corepressor
NuRD: A multi-faceted chromatin remodeling complex in regulating cancer biology