1.顏色管理模塊（Colors Module）
醫學圖像處理和可視化時，不同組織希望用不同的顏色來表示。3DSlicer就是采用了顏色管理模塊來管理顏色。1.1 使用方法
Modules->all Modules->Colors Module
1.2 顏色表的管理
目前，3DSlicer支持三種顏色表：連續的梯度表（灰度等級表）、參數表（方程定義）、離散表（文件中讀取）。除了一些集成到軟件內部中的顏色表，其余很大一部分的顏色表保存在Share/Slicer-4.5/ColorFiles目錄下。
2.DICOM管理模塊（DICOM Module）
DICOM在醫學影像領域應用極其廣泛，3DSlicer對DICOM提供了很好的支持。主要采用DICOM模塊對DICOM數據進行管理。
2.1 DICOM數據文件的管理
3DSlicer采用SQLite的DICOM數據庫對DICOM數據進行管理。根據研究對象的不同，可以有多個數據庫。通過DICOM瀏覽器對數據庫進行管理（也可以直接采用數據文件加載的模式），界面如下：
3.數據模塊（Data Module）
查看當前場景中的所有對象的名稱和對象的ID值。此外，該模塊還可以在MRML樹形結構上進行一些基本的操作（所有、重命名、刪除、移動等）。
4.模型模塊（Model Module）
更改三維面繪制的顏色、透明度等外觀參數信息，對場景中的三維表面模型起到了組織管理的作用。
5.注釋模塊（Annotations Module）
對感興趣的點或者區域進行標注。3DSlicer通過注釋模塊完成標注操作。目前，Slicer支持的標注類型主要有三種:基准點Fiducial、標尺Ruler、感興趣區域ROI。