3D Slicer 圖像分割標注教程


在3D Slicer(4.10.1)中進行三維體數據的圖像分割標注。
擴展教程:
3D Slicer - 醫學圖像檢測標注教程(矩形框)
3D Slicer - 醫學圖像檢測標注教程(導入查看標簽與修改標簽)

1. 讀取數據

三維體數據一般為DICOM格式或者NIFIT格式,
DICOM:
將包含.dcm文件序列的文件夾拖入3D Slicer,或者點擊左上角的dcm圖標:
在這里插入圖片描述
在DICOM Browser Import,導入.dcm序列后,examime and load:
在這里插入圖片描述
NIFIT:
直接將.nii文件拖入3D Slicer即可。

2. 勾畫標簽

1. 選擇Segmentations模塊,點擊"Create new Segmentation":
在這里插入圖片描述
Create之后可以通過Rename修改名字。
2. 添加Segment:在這里插入圖片描述
點擊Edit selected之后,會到Segment Editor模塊。
3. 編輯Segment:
雙擊Segment的Color可修改顏色,雙擊Name可修改名字。
在這里插入圖片描述
通過Effects下的不同工具可在體數據的三個視圖上勾畫label:
在這里插入圖片描述
點擊Show details查看各個工具的使用方法。點擊show 3D可顯示segment三維圖。

3. 保存標簽

勾畫label完成后,切換到Data模塊,可以看到剛剛所勾畫的label:
在這里插入圖片描述

注意,有多個Segment的時候,若只想保存其中一個,則需要將其他的Segment設為不可見,即關閉Segment右側的小眼睛。每次保存的是同級目錄下的所有設為可視的Segment。

選中想要保存的segment,右鍵,選擇"Export visible segments to binary labelmap",再選中出現的labelmap:
在這里插入圖片描述
右鍵,選擇"Export to DIOCM…",選擇路徑進行保存。保存為DICOM格式后,也可以重新打開,然后將其保存為NIFIT格式。

3. 顯示多個標簽

將原始體數據和多個label的.nii同時打開,然后在Segment模塊中,首先新建一個Segmentation,然后為每一個label添加一個Segment,具體方法為:

    • 選中一個Segment;
    • 選擇labeld對應的Volume;
    • 點擊Threshold工具;
    • 設置高低閾值為label的值(可將鼠標在右側可視化圖中移動,左下角會顯示當前鼠標位置的灰度值);
    • 點擊apply。
      在這里插入圖片描述
      為每個label都添加Segment並apply之后,可以在右側看到不同label的可視化圖:
      在這里插入圖片描述
      將Master Volume切換為原始體數據:
      在這里插入圖片描述就可以看到label在原始體數據上的疊加效果:
      在這里插入圖片描述


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