3D Slicer 醫學圖像檢測標注教程(導入查看標簽與修改標簽)


對於已經導出的DICOM標簽,可能需要在專業醫學人員檢查之后進行修改。本文介紹如何將已經導出的DICOM標簽重新導入3D slicer,並進行修改。

一、導入數據

打開軟件后,首先查看一下Data,把里面的已有的數據全選然后右鍵點擊Delete(刪除之前請確認其中的標簽已經成功導出了),這是為了防止軟件內存占用太大。
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依次將同一個病例的原CT的Dicom序列的文件夾,與之前導出的標簽Dicom序列的文件夾拖入3D slicer(文件夾路徑不能有中文),然后在DICOM Brower里面,選中這個病例的CT和標簽:
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上圖左列顯示了三個病例,是已經打開過的病例,選中本次的病例,然后把中間和右邊兩列的標簽和CT都選上(按住shift左鍵點擊可多選)(標簽的SeriesNumber為1,CT的SeriesNumber為4)。再點擊Examine與Load。(Examine和Load過程會需要10多秒,根據電腦性能)。

當3D slicer右邊視圖中顯示了CT或者label時,導入完成,可以關閉DICOM Brower了(還沒有導入完成時就關閉DICOM Brower可能會卡死)。

二、將標簽疊加顯示在CT上

切換至Segment Editor模塊
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Master volume是控制當前右邊的四個視圖顯示的volume,其下拉框內,可以看到有剛剛導入的2個volume: CT 與 Label:
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選擇CT進行顯示:
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選擇Label進行顯示:
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可以用Rename current Volume對master volume名字進行修改,本文將這兩個volume改名為CT和Label,以更方便進行區分。
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選擇Master Volume為Label,即對Label進行顯示,然后點擊Add添加一個Segment:
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選中添加的Segment,然后點擊下面的Effects里面Threshold工具:
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點擊Threshold工具之后,會出現Threshold相關選項(下圖紅框),同時右邊的視圖會開始閃爍。
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標簽的正常閾值是0.00 – 1.00,即標注多邊形內為1,背景為0。

現在只需要顯示標注,因此將Threshold Range調至1.00 – 1.00,然后點擊下面的Apply:
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點擊Apply之后,會發現右邊視圖里面的只有Label區域變成Segment設置的顏色,這里是默認的綠色:
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選擇Master Volume為CT,即對CT進行顯示,會發現綠色的標簽疊加顯示在了CT上:
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查看當前橫斷面Slice序號:把鼠標移到橫斷面視圖內,然后在3D Slicer的左下角Data Probe內可以看到當前橫斷面Slice序號:
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為了更好地查看標簽,可以經常點擊Segment前面的小眼睛,控制疊加的標簽的 顯示/不顯示,也可以將標簽的內部填充不透明度設置為0;具體操作見上一篇博客 的 四、4 節。

到這一步就已經完成了疊加顯示,當前的3D slicer狀態就處於了標記狀態,可以使用Draw工具對Segment進行增補,也可以使用Erase工具對Segment進行刪減,和上一篇博客的標注過程一樣。

對Segment修改完成之后,同樣按照上一篇博客的方法進行標簽的導出,即在Data模塊里面,先選中Add的那一個Segment ,右鍵,再點擊Export visible segments to binary labelmap:
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再對labelmapvolume選中右鍵,點擊Export to Dicom
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在彈出的Dicom Export框內,將默認的output folder修改為另一個全英文路徑,點擊Export即可。

注意:在3D Slicer里面對CT或者label進行的任何操作,都不會改變原來的CT和label數據,因此沒有改動就沒必要重新導出,改動后的標簽也就必須重新導出為新的一份標簽。

注意:每次標注完一個CT並保存標簽之后,或者查看完一個CT和標簽之后,需要繼續標注或者查看另一個case時,強烈建議將已經導入3D slicer的數據都刪除后,再導入新的case,以防內存溢出,刪除的方法見上一篇博客。

番外、窗寬窗位調節

窗寬窗位調節在標注過程中很重要,窗寬窗位調節雖然不會改變數據本身,但是會改變圖像的可視化效果。有時候病灶看不見或者模糊就是因為窗寬窗位調地不合適。窗寬窗位調節的方法很簡單,就是按住左鍵在視圖內左右慢慢移動或者上下慢慢移動。但是怎樣的窗寬窗位算是比較合適沒有個標准,不同CT之間不一樣。對於磨玻璃,可供參考的窗寬窗位如下圖所示。在Volumes模塊中,選擇Active Volume為CT,可以查看窗寬窗位的具體數值(W為窗寬,L為窗位);軟件也提供了一個推薦的肺部窗寬窗位,但也不一定適用於所有case。
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