使用3D Slicer對圖像進行配准

在進行深度學習之前，我們需要圖像進行一些預處理操作，其中配准是很重要的一環，以下將介紹使用軟件3D Slicer來進行圖像配准

3D Slicer是（1）一個軟件平台，用以圖像分析（包括配准和實時編輯），圖像可視化以及圖像引導治療；（2）是一個免費、開源軟件，並適用於Linux、MacOSX和windows操作系統；（3）擁有強大的可擴展性，可以通過模塊嵌入方式來增加新的功能和應用。3D slicer的主要特征有：（1）適用於從頭到腳的各個組織器官；（2）兼容MRI、CT、US（超聲）、核醫學以及顯微鏡下的影像；（3）擁有雙向可交互性

准備

1. 3D Slicer下載
下載鏈接

安裝過程不予累述，注意如果有獨顯的話，打開該軟件的時候，右擊鼠標，選擇用圖形處理器運行，不然會使用CPU運行，會比較卡

安裝及加載文件教程

2. 獲取兩組dicom文件

3. 獲取module -- Elastix

點擊view，選擇Extension Manager。搜索Elastix，安裝SlicerElastix

配准

1. 將兩組需要配准的dicom文件拉入軟甲所在位置，根據提示框將兩組文件都進行加載

2. 點擊搜索框，選擇Elastix
   

3. 在Inputs框，依次選擇配准的文件，其中Fixed volume表示配准的基准，Moving volums表示待配准的文件
   

4. 選擇配准之后輸出的名字
   

5. 點擊Apply等待即可

結果

1. 點擊data，可看見左側中間部分顯示原文件和配准結果文件，點擊即可查看
   

2. 保存文件，點擊save即可保存，同時可以保存多種格式