對醫學3D圖像中的病灶區域進行Detection時，需要提供Bounding Box標簽。3D Slicer(4.10.2)中的Segment Editor與Legacy/Editor都可以對三維體數據中的ROI進行矩形標簽框注。Segment Editor較為方便，雖然這個模塊本身是用於像素級Segmentation的標注，但是也可以用來標注ROI的矩形框。本文介紹如何使用3D Slicer的Segment Editor模塊對DICOM格式的CT數據進行矩形框標注；標注過程中，每個流程都可能會出現問題，建議先隨意地標記幾張slice，然后導出保存。當整個流程沒有出現問題時，再開始正式地標記。
一、安裝軟件
現在最新的3D slicer是4.10.2版本的，官網可以免費下載。https://download.slicer.org/，下載完成后點擊安裝包傻瓜式安裝 (安裝路徑不能有中文)。
另外，如果電腦用戶名user是中文的話，有可能會出現問題，例如最后導出的文件夾為空，解決方法：在3D slicer的導航欄里的Edit – Application settings里，修改Module – Temporary directory為全英文路徑：
二、讀取數據
打開3D slicer后，首先導入3D數據(DICOM格式)。
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將包含.dcm文件序列的文件夾直接拖入3D Slicer，導入文件路徑不能有中文，選擇reader:
注意：一個病人有多個掃描的CT，選擇薄層的，就是上圖的S0004文件夾。
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導入完成后，點擊彈窗的OK：
然后會彈出DICOM Brower：
如果沒有自動彈出上圖的DICOM Brower的話，點擊3D slicer左上角的DCM按鈕：
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在DICOM Brower中，先選中本次要打標注的case，選擇的時候，左中右三列都要選擇到。然后點擊Examine，再點擊load(有些3D slicer沒有Examine按鈕，這可能是因為安裝的路徑有問題，退出重新安裝到全英文路徑下):
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點擊load之后，CT的三個維度的2D切片會出現在3D slicer中，退出DICOM Brower。3D slicer的左上視圖為CT的橫斷面，我們在橫斷面中進行標注：
一些基本的交互操作：https://blog.csdn.net/Huadong_eddy/article/details/80392595 (一定要看)
三、標注工具
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切換3D slicer的功能模塊至Segment Editor：
上圖藍色框內，Segmentation表示本次label volume的名字，Master volume表示右邊正在顯示的Volume的名字，按默認的就行。 -
點擊Add，新建一個類別的標簽：
一個Case只需要一個Segment就行，即只需要點擊一次Add。
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下方的effects內，顯示了很多種標注的工具，我們需要用到的有：
初始是在None的狀態下；Draw為畫筆工具；Erase為橡皮擦工具。 -
點擊Draw畫筆，可以看到該工具的操作方式：
在橫斷面視圖內，點擊左鍵新加點，按住左鍵拖拽鼠標可以畫線(加多個點)，點擊右鍵可以將所有加的點閉合起來；按x鍵刪除上一個點；按ctrl+z可以撤銷上一組操作。
四、示例標注
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在橫斷面內，滾動鼠標瀏覽slice，找到有病灶的slice，可以通過前文鏈接里的那些交互操作方式改變窗寬窗位，或者放縮移動圖像，來更加有效地查找病灶(注意有部分交互操作方式只有在None狀態下才可以進行)，例如下圖的右下方有個病灶：
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使用Draw工具，圍繞着病灶左鍵點3-4個點，然后點擊右鍵，生成一個比較扭曲的矩形包圍住這個病灶就行了。
左鍵點了四個點：
右鍵生成閉合多邊形(偽矩陣)：
一個病灶區域就標好了。注意：雖然說在Detection時需要的是矩形框，但是只要所生成的多邊形包圍着病灶就OK了，后期把多邊形轉為矩形就行了，即包圍多邊形的最小矩陣。
標注的要求：病灶區域的多邊形，不是矩陣也行，也不需要嚴格地沿着病灶區域的邊界畫，把病灶區域給包圍住就行，但是盡量不要把非病灶區域給包了。
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標完這個slice的病灶之后，滾動滑輪到下一張slice繼續接着標就行，不需要在左邊欄再次點擊Add添加Segment。把這個Case的所有橫斷面slice都找一遍，然后把每張slice中的所有病灶區域用偽矩形框給標注出來就行了。
注意：一個Case中，很多slice可能沒有病灶，沒有病灶的slice就不需要標了；有些slice會有多個病灶，就需要用多個偽矩形把每個病灶都標出來；大部分病灶會跨越多張slice。
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標注時，點擊當前標簽名字前面的小眼睛，可以選擇顯示/不顯示標簽；
點擊Segmentations可以調節標簽的透明度：
調完之后按Edit selected返回繼續標注。
五、保存標注
把Case里所有橫斷面slice的所有病灶都標記完成之后，需要保存標簽。
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切換至3D slicer的Data模塊：
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選中剛剛的標簽的名字，右鍵，選擇Export visible segments to binary labelmap
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生成一個LabelMapVolume:
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選中並右鍵這個LabelMapVolume，選擇Export to Dicom，即選擇將標簽導出為DICOM格式，會彈出Dicom Export彈窗：
修改導出的保存路徑后(使用全英文路徑；不要用默認的路徑，不然默認路徑下只會生成.sql文件) ，點擊Export，顯示Export successful就成功了：
檢查一下導出的DICOM序列的文件夾，建議手動更改一下文件夾名字，改成病例的名字，以防多個病例之間弄混。
六、刪除數據
當標記完一個case，並將標簽成功導出之后，建議刪除3D Slicer中的數據，以防標記下一個case時內存溢出。
- 刪除導入歷史：在DICOM Brower里面，選中病例，右鍵，點擊delete 1 selected patient：
- 刪除3D slicer中的數據：在Data模塊里，將數據全部選中，然后右鍵Delete:
刪除3D Slicer中的數據並不會刪除原始的在文件夾里的CT和已經導出的label。