3D Slicer在分割后三維重建的圖像，效果很好，但是存在一定的不足，默認的顏色並不是很合適，這時手動設置三維視圖下的需要的顏色就很有必要了。如下圖所示，默認的三維重建后的顏色。
這樣的顏色顯然不是顱骨正常的顏色，需要設置顏色，設置步驟如下：
（1）模塊選擇窗口——Segment Editor
（2）點擊圖中1位置Logical Operators，點擊2位置的顏色塊
（3）得到下圖所示窗口，選擇Tissue（數字標簽1）——Bone（數字標簽2）——顏色設置位置（數字標簽3）——確定即可
（4）顏色設置界面，有四種設置方式：a.選擇Basic顏色設置（數字標簽1）；b.選擇Labels（數字標簽2）設置顏色；c.色板選擇顏色（數字標簽3）；d.設置RGB值（數字標簽4）。
（5）顏色設置樣例
