1.安裝MatlabBridge插件
(1)在工具欄找到Extension,點擊進入Extension Manager
(2)找到MatlabBridge,安裝
2.配置MATLAB環境
(1)在模塊處找到Developer Tools——Matlab——Matlab Modules Generator
(2)在Matlab executable處配置matlab.exe的路徑(請確保計算機上安裝有matlab,並且可以找到matlab.exe文件的位置);Matlab script directory的路徑為存儲.m文件的位置。
3.利用MATLAB函數(function)分割圖像
(1)創建matlab module,在Module name處命名文件
(2)點擊Generate module
(3)Matlab module包含三個文件:
•Matlabscript (*.m):Slicer調用的Matlab函數,該文件必須由用戶定制,以執行所有必要的數據輸入,處理和輸出。
•Module descriptor(*.xml):模塊描述符,該XML文件定義將在3D切片機中為模塊顯示的圖形用戶界面,該文件必須針對特定的Matlab函數進行自定義。
•Module proxy(* .bat):模塊代理,該文件生成一次,不需要更改。
.m文件
.xml文件
(4)退出3D Slicer,重新打開
(5)打開樣本數據,這里打開下載的MRHead數據
(6)在Module工具欄找到新建的matlab module,點擊文件
(7)設置Input Volume為MRHead, Output Volume為Create new Volume
(8)點擊apply按鈕查看結果,如下圖所示的結果
總結:3D Slicer調用matlab函數的方法使得圖像處理可以更容易編程處理,方便像素級的處理。但是,也存在一定的難度。首先,安裝MatlabBridge並且學會使用;其次,是需要明白其中參數的意義,才能更好的編寫matlab函數處理圖像;最后,需要明白在3D Slicer自帶的功能下處理圖像和matlab編程處理圖像之間如何選擇更簡單有效的方式,也是十分重要的事情。