需求
我有一個物種taxonomy ID的list，想獲得相應的物種名，不要一個個去NCBI Taxonomy官網查。反之根據物種名list查詢對應的taxid。
實現
因為之前沒怎么用過，我的第一個想法是通過下載到集群的taxonomy數據庫文件來匹配。一般下載下來的數據庫會有names.dmp和nodes.dmp文件，分別是物種層級關系文件和taxid與物種名對應文件。但我想要的只是species這個層級的，所以要結合這兩個文件寫個小程序才能實現，並且很可能出錯，因為我不知道到底哪個才是標准的species name。
比如說，我想要知道taxid為10090的物種名，在names.dmp文件中有如下這么多對應關系：
其實，NCBI的Taxonomy數據庫自帶了一個叫TaxIdentifier的工具（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/TaxIdentifier/tax_identifier.cgi），可以輕松轉換。
如上圖我輸入一個taxid list，直接得到以下結果：
通過選擇full taxid lineage，也可以得到該物種的所有譜系關系：
反過來，通過taxname來獲得taxid也是一樣的，不過要注意名字的規范性。
可見在生物學問題研究上，很多輪子已經造成了，要學會搜索和使用。關鍵還是需求問題。