生物信息分析中會用到很多的比對軟件，比較常用的有bowtie、bowtie2、bwa等，比對文件的標准格式是sam格式，但是bowtie比對默認輸出的格式卻不是sam格式，由於bowtie適用於短序列比對，並且看突變鹼基比較方便，因此它的默認輸出格式還是有一定優勢的，下面就來說明一下它的默認輸出格式。
example：
說明：
1. query id，也就是你自己用於比對的序列的ID。
2. + 表示正向比對上這條reads；- 表示對反向比對上這條reads。
3. 對應比對上的參考序列的ID，ref。
4. 自己用於比對的reads比對到參考序列的起始位置，注意下標是從0開始計數，例如10代表從第11個鹼基開始比對上。第2列為"+"時，表示query第一個鹼基map到reference上的位置；第2列為"-"時，表示query的反向互補序列第一個鹼基map到reference上的位置。
5. 如果第2列為"+"，則和query序列一致；否則，和query序列反向互補。
6. 質量文件，如果query文件為fasta格式，則無法獲取質量文件，用I代替，I的數量與query序列長度一致。
7. 當前query能map到GENOME的4個不同位置
8. 如果存在第8列，表示有錯配，bowtie的mismatch最大可設置為3。第8列可以分為三個部分，最左端的數字，中間的鹼基為reference鹼基，最右端的鹼基為query鹼基，下面分情況討論：
第2列為"+"時：最左端的數字9表示query從5'端數起，第10個鹼基為"T"，而對應的reference為"G";
第2列為"-"時：最左端的數字9表示query先作反向互補，然后從3'端數起，第10個鹼基為"T"，而對應的reference為"G";