。我不生產文檔,我只是文檔的搬運工么么噠~ Bowtie2適合將長度50-1000bp的reads比對到 ...
生物信息分析中會用到很多的比對軟件,比較常用的有bowtie bowtie bwa等,比對文件的標准格式是sam格式,但是bowtie比對默認輸出的格式卻不是sam格式,由於bowtie適用於短序列比對,並且看突變鹼基比較方便,因此它的默認輸出格式還是有一定優勢的,下面就來說明一下它的默認輸出格式。 example: 說明: . query id,也就是你自己用於比對的序列的ID。 . 表示正向 ...
2019-05-10 13:12 0 580 推薦指數:
。我不生產文檔,我只是文檔的搬運工么么噠~ Bowtie2適合將長度50-1000bp的reads比對到 ...
一、bwa比對軟件的使用 1、對參考基因組構建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa # -a 參數:is[默認] or bwtsw,即bwa構建索引的兩種算法,兩種算法都是基於BWT的(BWT search while the CIGAR string ...
(以本地電腦wsl子系統的unbantu為例) 軟件安裝 anaconda安裝與配置 下載Anaconda 2.7 for Linux https://www.anaconda.com/download/ 在下載目錄下輸入 點yes往下后,輸入查看是否安裝 ...
主要簡述 bowtie2 的入門用法,完成從原始序列到最后完成mapping 之后的 sam格式文件。 參考文檔 最重要的參考文檔還是官方文檔: Bowtie2-mannual Getting started with Bowtie 2 文獻: Fast ...
bowtie:短序列比對的新工具(轉) (2014-11-17 22:15:24) 轉載▼ 標簽: 轉載 原文地址: bowtie:短序列比對的新工具(轉 ...
序列相關 密碼子表達優化:Jcat 核酸翻譯為蛋白:Translate 序列比對和搜索:NCBI Blast,Uniprot Blast,HMMER,HHblits 序列比對的作圖:ESPript, Jalview 蛋白質家族搜索:Tigr,pfam 引物設計的質量 ...
/wiki/metaphlan2 MetaPhlAn2是使用宏基因組鳥槍法測序數據描繪微生物群落組成 ...
生物信息學分析在線軟件集錦 序列相關 密碼子表達優化:Jcat 核酸翻譯為蛋白:Translate 序列比對和搜索:NCBI Blast,Uniprot Blast,HMMER,HHblits 序列比對的作圖 ...