原文:生物信息bowtie比對軟件的結果格式說明

生物信息分析中會用到很多的比對軟件,比較常用的有bowtie bowtie bwa等,比對文件的標准格式是sam格式,但是bowtie比對默認輸出的格式卻不是sam格式,由於bowtie適用於短序列比對,並且看突變鹼基比較方便,因此它的默認輸出格式還是有一定優勢的,下面就來說明一下它的默認輸出格式。 example: 說明: . query id,也就是你自己用於比對的序列的ID。 . 表示正向 ...

2019-05-10 13:12 0 580 推薦指數:

查看詳情

安裝生物信息軟件-bowtie2

。我不生產文檔,我只是文檔的搬運工么么噠~ Bowtie2適合將長度50-1000bp的reads比對到 ...

Sun Oct 23 20:44:00 CST 2016 0 1439
bwa比對軟件的使用以及其結果文件(sam)格式說明

一、bwa比對軟件的使用 1、對參考基因組構建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa # -a 參數:is[默認] or bwtsw,即bwa構建索引的兩種算法,兩種算法都是基於BWT的(BWT search while the CIGAR string ...

Sat May 18 21:06:00 CST 2019 0 2596
生物信息軟件安裝(不定時更新)

(以本地電腦wsl子系統的unbantu為例) 軟件安裝 anaconda安裝與配置 下載Anaconda 2.7 for Linux https://www.anaconda.com/download/ 在下載目錄下輸入 點yes往下后,輸入查看是否安裝 ...

Mon Dec 24 21:54:00 CST 2018 0 939
比對程序 Bowtie2 的簡單使用

主要簡述 bowtie2 的入門用法,完成從原始序列到最后完成mapping 之后的 sam格式文件。 參考文檔 最重要的參考文檔還是官方文檔: Bowtie2-mannual Getting started with Bowtie 2 文獻: Fast ...

Tue Sep 22 05:43:00 CST 2015 0 2385
bowtie:短序列比對的新工具

bowtie:短序列比對的新工具(轉) (2014-11-17 22:15:24) 轉載▼ 標簽: 轉載 原文地址: bowtie:短序列比對的新工具(轉 ...

Sat Nov 10 06:51:00 CST 2018 0 813
生物信息學在線軟件集錦

序列相關 密碼子表達優化:Jcat 核酸翻譯為蛋白:Translate 序列比對和搜索:NCBI Blast,Uniprot Blast,HMMER,HHblits 序列比對的作圖:ESPript, Jalview 蛋白質家族搜索:Tigr,pfam 引物設計的質量 ...

Wed Sep 02 22:49:00 CST 2020 0 437
生物信息學在線軟件集錦

生物信息學分析在線軟件集錦 序列相關 密碼子表達優化:Jcat 核酸翻譯為蛋白:Translate 序列比對和搜索:NCBI Blast,Uniprot Blast,HMMER,HHblits 序列比對的作圖 ...

Tue Dec 21 17:47:00 CST 2021 0 103
 
粵ICP備18138465號   © 2018-2025 CODEPRJ.COM