序列相關
- 密碼子表達優化：Jcat
- 核酸翻譯為蛋白：Translate
- 序列比對和搜索：NCBI Blast，Uniprot Blast，HMMER，HHblits
- 序列比對的作圖：ESPript， Jalview
- 蛋白質家族搜索：Tigr，pfam
- 引物設計的質量：MFEprimer
蛋白特性預測
- 突變影響功能預測：MutPred
- 突變熱穩定性預測：AutoMute， PPSC， MUpro， cupsat， Eris， sdm， DFIRE， POPMUSIC， IMUTANT， MUTDB，
- 蛋白質pKa值預測：H++， Propka， Depth
- 蛋白質自聚集分析：AGGRESCAN
- 糖基化位點的預測：NetNGlyc
- 信號肽位點的預測：SignalP
- 核定位序列的預測：NucPred，cNLS Mapper
蛋白質結構相關
- 相似結構搜索：PDBeFold
- 二級結構預測：CFSSP， GOR4， PORTER， PsiPred
- 三級結構預測：I-TASSER，SwissModel
- 突變結構預測：RosettaBackrub
- 短肽結構預測：PEP-FOLD
- 螺旋結構作圖：Wheel，Helical_Wheel
- 跨膜β 桶預測：BetAware
- 跨膜螺旋預測：TMpred，Phobius，TMHMM
- 振動模式分析：Bio3D，CABSflex2
- 無折疊區預測：DisEMBL，GlobPlot
- 結構域的分割：DomainParser
- 常用工具軟件：PDBtools，PDBePISA
- ROSETTA軟件：ROSIE (Rosetta Online Server that Includes Everyone)
免疫相關
- 可變區的識別：AbRSA， Abnum
- 三維結構預測：PIGS， ABodyBuilder
- 抗體接觸位點：proABC
- 抗體序列搜索：IMGT/V-QUEST， IgBlast
- 抗體序列數據：VBASE2， abYsis
- 抗原表位預測：SEPPA3
- MHC多肽預測：NetMHCpan， NetMHC
相互作用相關
- 相互作用熱點預測：KFC2， HotPOINT
- 蛋白蛋白分子對接：ZDOCK，QASDOM，PatchDock
- 蛋白配體分子對接：CB-Dock，SwissDock，MTiOpenScreen
- 蛋白配體結合模式：PLIP, LigPlus
- 蛋白質口袋區預測：Depth， ConCavity, CavityPlus
葯物設計相關
- 葯物聚集特性預測：ChemAGG
- 葯物葯代特性預測：SwissADME
- 葯物靶點蛋白預測：SwissTargetPrediction，HitPickV2, TargetNet
數據庫
- 核酸序列數據庫：GenBank
- 蛋白序列數據庫：UniProt, Swiss-Prot
- 蛋白質結構數據：RCSB PDB
- 蛋白結構增強集：PDBFINDER
- 常用小分子庫集：Click2Drug
- 抑制劑分子購買：Selleckchem
- 突變蛋白數據庫：DRSP
- 無折疊蛋白質庫：DisProt
- 腫瘤突變信息庫：cBioPortal for Cancer Genomics
- 葯物分子信息數據：PubChem，DrugBank ChEMBL