GWAS: 網頁版的基因型填充（genotype imputation）

在全基因組關聯分析中，處理芯片數據時，必須走的一個流程就是基因型數據填充（imputation）。

當然，如果你拿到的是全測序的數據，請忽略這一步。

下面直奔主題，怎么在網頁版進行基因型填充。

1 進入Michigan Imputation Server

Michigan Imputation Server網站鏈接：https://imputationserver.sph.umich.edu/index.html#!pages/home

進入該網站，進行注冊。

注冊完以后，接下來准備imputation需要的輸入文件

2 准備imputation需要的輸入文件

Michigan Imputation Server網站只接受壓縮包的vcf格式（vcf.gz），故需要先將手頭上的文件轉化為vcf.gz格式

2.1 轉化ped/map為vcf格式文件

plink --ped mystudy_chr1.ped --map mystudy_chr1.map --recode vcf --out mystudy_chr1

2.2 將vcf格式文件壓縮為vcf.gz格式

這一步驟需要安裝VCFtools和tabix兩個工具

安裝成功后，使用如下命令：

vcf-sort mystudy_chr1.vcf | bgzip -c > mystudy_chr1.vcf.gz

3 上傳數據

以下兩種方式任選一種。

3.1 上傳vcf.gz文件的方式

具體使用操作見下圖：

3.2 上傳鏈接的方式

4 坐等郵件, 收結果