GWAS群體分層 (Population stratification)：利用plink對基因型進行PCA
一、為什么要做祖先成分的PCA? GWAS研究時經常碰到群體分層的現象，即該群體的祖先來源多樣性，我們知道的，不同群體SNP頻率不一樣，導致后面做關聯分析的時候可能出現假陽性位點（不一定是顯著信號位點與該表型有關，可能是與群體SNP頻率差異有關），因此我們需要在關聯分析前對該群體做PCA分析 ...
原文：GWAS: 網頁版的基因型填充（genotype imputation）
在全基因組關聯分析中，處理芯片數據時，必須走的一個流程就是基因型數據填充 imputation 。 當然，如果你拿到的是全測序的數據，請忽略這一步。 下面直奔主題，怎么在網頁版進行基因型填充。 進入Michigan Imputation Server Michigan Imputation Server網站鏈接：https: imputationserver.sph.umich.edu index ...
2019-05-08 10:15 0 1003 推薦指數：
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